恶意退款的立案标准需结合具体行为性质判断，核心区分民事纠纷与刑事犯罪，不同情形下的立案金额要求不同，其中刑事立案有明确的金额门槛，民事立案则无明确金额限制但需有实际损失。
一、刑事立案
恶意退款被认定为诈骗行为，需达到数额较大标准才能立案，根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条规定，诈骗公私财物价值3000元至1万元以上的，认定为数额较大，这是恶意退款构成诈骗罪的基本立案金额标准。
《中华人民共和国刑法》第二百六十六条规定，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金;数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。本法另有规定的，依照规定。
如果恶意退款金额达到3000元及以上，且有证据证明行为人以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方法骗取商家财物，就可能构成诈骗罪，公安机关应予立案。
如果单次恶意退款金额未达3000元，但多次实施恶意退款行为，累计金额达到3000元以上，且具有连续性和主观恶意，也可能被认定为诈骗罪并立案。
二、民事立案
无论恶意退款金额多少，只要商家因恶意退款遭受实际损失，就可向法院提起民事诉讼，要求退款方承担违约责任、赔偿损失，民事立案不设置金额门槛，重点在于证明恶意退款行为存在及损失情况，赔偿金额需根据商家实际损失确定，一般包括退款本金、合理的运营成本等。
恶意退款并非单一违法行为，根据行为情节轻重、金额大小，会分别违反民事法律、行政法律甚至刑事法律，不同法律层面规定了不同的责任承担方式，需结合具体情形判断适用的法律条款。
一、民事层面
恶意退款违反《中华人民共和国民法典》的相关规定，《中华人民共和国民法典》第七条规定，民事主体从事民事活动，应当遵循诚信原则，秉持诚实，恪守承诺。
恶意退款中，行为人无正当理由故意申请退款，违背诚信原则，属于违约行为，商家可以依据该法要求退款方承担违约责任，赔偿因恶意退款造成的实际损失。
如果恶意退款行为情节较轻，尚不构成犯罪，但扰乱商家正常经营秩序、侵害商家合法权益，会违反《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十九条规定，盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款;情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。
二、刑事层面
恶意退款金额达到3000元及以上，且符合诈骗罪构成要件的，违反《中华人民共和国刑法》第二百六十六条的规定，构成诈骗罪，需承担刑事责任，具体处罚根据诈骗金额分为不同档次，除罚金外，还可能面临有期徒刑、拘役、管制等刑罚。
此外，恶意退款行为还可能违反《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，该法明确消费者应依法行使权利，不得滥用权利损害经营者合法权益，滥用退款权利进行恶意退款的，经营者可以拒绝退款并要求赔偿损失。
综上所述，恶意退款民事立案无金额门槛，刑事立案需达3000元及以上标准，其行为还会违反民事行政及刑事相关法律。无论是商家还是消费者，都应依法行使权利，避免恶意退款行为，否则需承担相应的法律责任。