第一，大产权房有五证，受法律保护，有完整产权。小产权，没有五证，不受法律保护，只有部分产权。通俗了说，就是大产权有不动产权证，小产权没有产权证。
第二，大产权拆迁有补偿，小产权房则不一定有，也就是说，如果政府要拆迁房子，小产权业主有可能得不到得到相应拆迁安置补偿。
第三，小产权房屋质量没有保障，可能存在安全隐患，而且除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
第四，小产权由于没有正规的产权证，不能在房地产管理部门登记备案，不可以办理抵押等他项权利，即不能设定抵押或上市交易，也就是说，买小产权房不能办理贷款，只能一次性付全款。
1、产权得不到保障
我们都知道，小产权房没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，没有国家的产权证书，只有乡政府或村委会的《集体土地使用证》，即宅基地证。不具有房屋所有、转让、处分、收益等权利，且不能办理房屋产权过户手续。
2、无法进行银行贷款和抵押贷款
小产权房没有经过备案，没有房产证，因此银行是不给予贷款的。若需要购买小产权房，则是需要一次性交清房款。不仅买房不能贷款，即便买完房，也不可拿房子做抵押到银行进行贷款。
3、购房合同缺少法律支持
在小产权房的买卖交易中，双方签署的购房合同也不是法律认可的正式购房合同，如果房产出现纠纷，双方签订的合同是得不到法律保护的。
小产权房的产权不完整，在小产权房买卖和转让过程中易出现一系列问题和纠纷。因此，一般小产权房是不允许买卖的，但是坚持要卖的情况下，可以在集体成员内部交易。小产权房的交易，一般是一次性付清，不能办理按揭贷款。由于所购小产权房得不到法律的认可和保护，没有得到国家房地产主管部门的批准，无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法的转让过户。同时对房屋的保值和升值也有很大的影响。