实质审查是对申请注册的商标是否具备注册条件的审查。
实质审查分两个方面：
1、拒绝商标注册的绝对理由的审查，即审查申请的商标是否违反禁用条款、是否具有显著特征;
2、拒绝商标注册的相对理由的审查，即审查申请的商标与在先权利是否的冲突，故也称新颖性审查。
专利局在收到申请人提交的实质审查请求书以及已有技术参考资料、实质审查费之后即对该专利申请进行实质审查，通常要检索与发明主题有关的现有技术并对下列问题进行审查：
1、申请专利的发明是否属于专利法所称的发明
2、申请专利的发明是否违反国家法律、社会道德、公共利益;
3、申请专利的发明是否属于不授予专利权的领域;
4、申请专利的发明是否具备新颖性、创造性、实用性;
5、是否符合同样的发明创造只能被授予一项专利的规定;
6、依照专利法第九条的规定，是否属于最先申请人;
7、说明书是否清楚完整地叙述了发明内容，说明书的撰写是否符合规定;
8、权利要求书是否以说明书为依据，写明了要求保护的范围以及权利要求书的写法是否符合规定;
9、专利申请是否符合单一性的要求;
10、申请人对其申请文件的修改或者分案，是否明显超出了原说明书和权利要求书记载的范围;
经过实质审查，专利局认为不符合上述专利法规定的，即会以书面形式通知申请人，要求其在指定的期限内进行修改或陈述意见，申请人无正当理由期满未答复的，其申请被视为撤回。申请人补正或陈述意见后，专利局仍然认为不符合上述规定的，就会予以驳回并通知申请人，申请人不服驳回的，可以向专利复审委员会请求复审。
专利实质审查的时间不确定，一般是6-18个月，取决于发明的内容，审查员对发明的理解和审查员的工作安排以及审查员与申请人或其代理人之间文件往复的时间。