休年假是否会扣全勤奖，主要取决于公司或单位的考勤制度和年假规定。
如果公司或单位的考勤制度规定年假期间不发放全勤奖，那么员工在休年假期间就不会有全勤奖。如果公司或单位规定年假期间可以正常发放全勤奖，那么员工在休年假期间就可以获得全勤奖。
法律依据
《职工带薪年休假条例》第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
《职工带薪年休假条例》第三条
职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天;已满10年不满20年的，年休假10天;已满20年的，年休假15天。
国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
一般来说，全勤奖是公司为了激励员工积极工作而设立的一种奖励，属于奖金范畴。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。因此，如果公司在工资中扣除员工的全勤奖，就可能违反了同工同酬的原则，侵害了员工的合法权益。
此外，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，如果公司未与员工约定在工资中扣除全勤奖，或者未经员工同意擅自扣除全勤奖，就可能违反了法律规定。
综上所述，如果公司未经员工同意或在劳动合同中未作明确约定，擅自扣除员工的全勤奖，就可能违反了法律规定。因此，一般来说，公司不应该在工资中扣除员工的全勤奖。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四条
用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
《关于工资总额组成的规定》第四条
工资总额由下列六个部分组成：
(一)计时工资;
(二)计件工资;
(三)奖金;
(四)津贴和补贴;
(五)加班加点工资;
(六)特殊情况下支付的工资。
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