患者不配合治疗受到损害时，医疗机构在一般情况下不承担责任。这是因为我国法律规定，如果患者或其近亲属不配合医疗机构进行符合诊疗规范的诊疗，医疗机构不承担赔偿责任。这是医疗机构的免责情形之一。
然而，如果医疗机构或其医务人员在此过程中存在过错，例如未尽到合理的诊疗义务或限于当时的医疗水平难以诊疗等，那么医疗机构应当承担相应的赔偿责任。此外，如果患者因医疗知识水平的局限而难以正确理解医务人员拟采取或已采取的诊疗措施，导致其不遵医嘱、错误用药、采取与诊疗措施不相配合的行为时，不能必然视为患者一方对其“不配合”存在主观过错，从而免除医院的责任。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千二百二十四条
患者在诊疗活动中受到损害，有下列情形之一的，医疗机构不承担赔偿责任：
(一)患者或者其近亲属不配合医疗机构进行符合诊疗规范的诊疗;
(二)医务人员在抢救生命垂危的患者等紧急情况下已经尽到合理诊疗义务;
(三)限于当时的医疗水平难以诊疗。
前款第一项情形中，医疗机构或者其医务人员也有过错的，应当承担相应的赔偿责任。
发生医疗事故后，院方的处理程序通常包括以下步骤：
1、立即报告：医疗机构在发生医疗事故或事件后，应立即报告给上级医师或行政领导，并尽可能详细地描述事故发生的情况。
2、采取措施：医疗机构及其医务人员应当立即采取有效措施，以避免或者减轻对患者身体健康的损害。这可能包括提供紧急医疗救助、调整治疗方案等。
3、保管资料：在处理医疗事故的过程中，医疗机构应当妥善保管与事故相关的各种资料，如病历、检查报告、手术记录等。同时，还要封存现场实物，以备后续的调查和处理。
4、调查处理：医疗单位应立即对发生的医疗事故或事件进行调查、处理。这包括对事故原因的分析、对责任人员的认定以及对患者损害的评估等。
5、报告行政部门：医疗机构在调查处理完毕后，应将事故情况报告给上级卫生行政部门。报告内容应包括事故发生的经过、处理结果以及改进措施等。
6、协商处理：如果确认为医疗事故，医疗机构应与患者或其家属进行协商，通过协商、调解或诉讼等方式确认赔偿数额。在此过程中，医疗机构应尊重患者的权益，积极与患者沟通，以达成合理的赔偿协议。
法律依据
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
《医疗事故处理条例》第四十七条
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
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