根据《中华人民共和国民法典》第三百五十九条规定："住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。
非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。"商铺作为非住宅类房地产，其40年产权到期后不适用"自动续期"规则，产权归属需按相关法律规定处理。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十二条规定："土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者需要继续使用土地的，应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。"
这意味着商铺产权到期后，原产权人享有优先续期权，但需主动申请并经批准。
对于未申请续期或续期申请未获批准的情形，《民法典》第三百五十九条规定："建设用地使用权期限届满，未申请续期或者申请续期未获批准的，该土地使用权消灭。"
此时，商铺所在的土地使用权将由国家无偿收回，但根据《城市房地产管理法》第二十二条第二款，国家收回土地使用权时，"应当根据土地使用者使用土地的实际年限和开发土地的实际情况给予相应的补偿"。
商铺40年产权到期后，产权可能归属继续使用土地的原产权人(续期获批情形)，也可能归属国家(未续期或续期未获批情形)，不同情形下产权人的权益保障存在显著差异。
商铺40年产权到期后续期费用的计算目前尚无全国统一标准，主要由各地政府根据实际情况制定。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十一条规定：土地使用权期满，土地使用者可以申请续期。
需要续期的，应当依照本条例第二章的规定重新签订合同，支付土地使用权出让金。
这里的"土地使用权出让金"即为续期主要费用，其计算通常考虑以下因素：
一是土地市场价格因素。
多数地区参考续期时的基准地价或市场评估价确定出让金，如深圳等城市规定可按公告基准地价的35%补缴。
二是原出让合同约定。
部分土地出让合同中会明确规定续期费用计算方式，具有优先适用效力。
三是使用年限因素。
常见做法是按剩余年限(重新出让的年限)比例计算，如《上海市国有建设用地使用权出让合同》示范文本规定可按续期年限占原年限的比例缴纳出让金。
四是政策优惠因素。
为促进商业发展，部分地区会对重点商业区域给予一定优惠。
除土地出让金外，续期时可能还需缴纳相关税费和手续费，如契税(3-5%)、土地增值税(按增值额累进税率)、登记费等。
《民法典》实施后，国务院正推动完善建设用地使用权续期的法律配套，未来可能出台更明确的续期费用计算标准。
目前投资者应密切关注当地自然资源部门发布的续期政策，并建议在购买商铺时提前了解土地出让合同中的续期条款。
商铺40年产权到期后的处理程序可分为以下几个关键步骤：
首先是提前申请环节，根据《城市房地产管理法》规定，产权人应至少在产权到期前一年向当地自然资源主管部门提交续期申请，提交材料通常包括申请书、身份证明、产权证书、土地出让合同等。
其次是审核评估环节，主管部门会审查申请材料，并委托评估机构对土地现行价值进行评估，作为确定续期费用的依据。
然后是签约缴费环节，续期申请获批后，产权人需与自然资源部门签订新的土地出让合同，并按约定缴纳土地出让金及相关税费。
最后是产权登记环节，凭缴费凭证和新的出让合同办理不动产变更登记，领取新的不动产权证书。
对于不续期的商铺，《不动产登记暂行条例实施细则》第五十条规定，不动产权利消灭的，权利人应当申请注销登记。
此时产权人可获得相应补偿，补偿金额通常包括建筑物残余价值补偿和土地开发投入补偿两部分。
需要特别注意的是：
一是时效要求，逾期未申请续期可能丧失优先权;
二是规划限制，若商铺所在区域规划已变更(如改为公益用地)，则可能无法续期;
三是建筑物状况，危房或违章建筑可能影响续期审批;
四是税收影响，续期产生的税费和未来转让时的计税基础变化需提前测算。