员工擅自离职是否要赔偿，关键在于离职行为本身是否合法，以及是否给公司造成了实际损失。如果员工没有提前三十天书面通知公司就直接走人，或者没有办理正常的工作交接，这种违法解除劳动合同的行为给公司造成了直接经济损失，员工就需要承担相应的赔偿责任。
根据《劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
公司要求赔偿的范围仅限于直接经济损失，比如因为员工突然离职导致项目停摆产生的违约金、紧急招聘替代人员的费用等。公司不能要求员工赔偿预期利润等间接损失，更不能在没有实际损失发生的情况下，仅凭劳动合同里的一纸约定就要求员工支付所谓的违约金。
在索赔过程中，举证责任完全在公司一方。公司必须拿出确凿的财务凭证、合同违约单据等证据，证明损失是真实存在的，并且这个损失是由员工擅自离职直接导致的。如果公司拿不出这些证据，员工完全有权拒绝支付任何赔偿。
公司遭受损失，员工承担的比例并没有一个固定的数字，而是需要根据员工的过错程度来综合判定。法律将员工的过错分为故意、重大过失和一般过失。如果是员工故意破坏公司财产或泄露商业机密，需要承担较高甚至全额的赔偿责任。
根据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
如果是因工作疏忽导致的重大过失，员工通常需要承担一定比例的赔偿责任。但如果是日常工作中难以完全避免的一般过失，员工承担的赔偿责任会非常小，甚至不需要赔偿。因为用人单位作为经营利益的获得者，本身就应当承担相应的经营风险和用工风险。
此外，公司在要求赔偿时还必须遵守法定的扣除限制。即使确定了员工需要赔偿的具体金额，公司每月从工资里扣除的赔偿金也不能超过员工当月工资的20%，并且扣除后剩下的工资绝对不能低于当地的最低工资标准。
面对公司4万元的损失，员工具体要承担多少，不能一概而论，必须结合劳动合同约定、公司规章制度以及员工的具体过错程度来分析。如果公司在管理、设备或流程上本身就有问题，对损失的发生也有过错，那么员工承担的赔偿责任会相应减轻。
根据《民法典》第一千一百七十三条的规定，被侵权人对同一损害的发生或者扩大有过错的，可以减轻侵权人的责任。在劳动争议中，如果用人单位对损失的发生存在管理不当等过错，法院也会酌情减轻劳动者的赔偿责任。
如果员工只是存在一般过失，比如因为业务繁忙或系统故障导致操作失误，通常只需要承担10%到30%左右的责任。如果是重大过失，比如严重违反核心操作流程，可能需要承担30%到70%的责任。只有在员工存在恶意故意的情况下，才可能被要求承担全额赔偿。
因此，公司直接要求员工全额赔偿4万元是不合理的。员工应当要求公司明确自身的过错比例，并依法主张减轻责任。如果双方无法协商一致，可以通过劳动仲裁来划分合理的赔偿比例，切实维护自身的合法权益。