根据现行法律法规及登记实践，公司设立登记申请书在提交后一般无法直接撤回，但可根据不同情形通过以下方式处理。
1. 在登记机关审查前主动申请撤回
申请材料尚未被登记机关受理或审查，申请人可向登记机关提交书面撤回申请，说明撤回原因，并附上已提交的申请材料副本。
登记机关收到撤回申请后，会终止审查流程，并退还已收取的申请材料(如有)。
2. 因材料问题或欺诈情形申请撤销登记
发现申请材料存在虚假、欺诈或不符合法定形式等问题，申请人或利害关系人可向登记机关申请撤销登记。
需提交《撤销公司登记(备案)申请书》，并附上证明材料(如虚假材料证据、身份冒用证明等)，说明撤销理由。
登记机关受理后，会进行调查，认定存在虚假登记情形，将依法撤销设立登记。
公司已取得营业执照，设立登记已完成，此时无法直接撤回申请书，需通过变更登记或注销登记等程序处理公司存续问题。
提前与当地登记机关沟通，确认具体操作流程和要求。
公司设立登记申请书原件具有极高的法律效力，其保存主要分为官方存档和企业自存两个部分。最核心的原件会由市场监督管理部门(即公司登记机关)进行归档保存。
根据经营主体登记档案管理办法的规定，登记机关对登记档案实行一户一档的原则。公司设立登记申请书作为公司成立最基础的申请材料，会被列入永久或长期保存的档案范围，即使公司未来注销，其登记档案通常也会继续保存二十年。
对于企业自身而言，在提交纸质材料办理登记时，通常会准备一式多份。在登记机关核验并收取一份原件存档后，企业应当将另一份加盖了登记机关查询章或档案章的申请书原件，与营业执照正副本、公司章程等重要文件一起，交由公司妥善保管。
在推行全程电子化登记的地区，申请人通过系统提交并经过电子签名的申请书电子影像件，与纸质原件具有同等法律效力。这些电子档案会由登记机关的服务器进行加密存储和备份，企业也可以在系统中随时下载打印存档。
妥善保管设立登记申请书原件非常重要。未来公司在办理股权变更、融资尽职调查、上市核查或应对各类法律诉讼时，这份文件都是证明公司设立合法性和初始股权结构的关键证据。
设立登记申请书不由法定代表人签署。这是一个常见的理解误区。公司登记管理条例规定，申请设立有限责任公司，应当由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请设立登记。在设立阶段法定代表人还没有正式产生，不可能由法定代表人签字。
有限责任公司的签署规则是全体股东指定代表或者共同委托代理人签字。股东可以指定其中一名股东作为代表，也可以共同委托一名外部人员作为代理人。被指定的人负责整理和提交申请材料，在申请书申请人声明一栏签字。
股份有限公司的签署规则不同。设立股份有限公司应当由董事会向公司登记机关申请设立登记。申请书由董事会指定代表签字，而不是由董事长或者法定代表人签字。国有独资公司由国有资产监督管理机构盖章。
法定代表人签署适用于变更登记而非设立登记。公司登记提交材料规范中，撤销变更登记申请才需要由法定代表人签字并加盖公司公章。设立登记时公司尚未成立，没有公章也没有法定代表人，签署人是股东代表或者委托代理人。
新版文书规范增加了任职人员承诺书。2026年版经营主体登记文书规范中，相关任职人员需要签署附表承诺及同意书，覆盖范围包括法定代表人、董事、监事、高级管理人员等。但这份承诺书不是设立登记申请书本身，而是配套的承诺文件。