店家批发花卉售卖后被告侵犯新品种权是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、侵权行为的认定
根据《中华人民共和国种子法》第二十八条第二款，任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖和为繁殖而进行处理、许诺销售、销售、进口、出口以及为实施上述行为储存该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。这意味着，如果店家在未经品种权人许可的情况下，销售了受品种权保护的花卉繁殖材料，那么其行为可能构成侵权。
二、合法来源抗辩
根据《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定(二)》第十三条，销售不知道也不应当知道是未经品种权人许可而售出的被诉侵权品种繁殖材料，且举证证明具有合法来源的，人民法院可以不判令销售者承担赔偿责任，但应当判令其停止销售并承担权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。因此，如果店家能够证明其销售的花卉具有合法来源，如从正规渠道进货、支付了合理对价、并留存了相关证据(如微信聊天记录、图片、发货快递清单、支付凭据等)，那么其可能免除赔偿责任，但仍需承担停止销售等责任。
三、侵权赔偿的计算
如果店家被认定构成侵权，那么其可能需要承担赔偿责任。根据《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件的规定》，侵权赔偿通常有三种计算方式：
1.权利人的实际损失：如授权许可费损失。
2.侵权人的违法所得：即侵权人通过销售侵权产品所获得的利润。
3.法定赔偿：法院酌情判赔，一般范围在500元至500万元之间。
法律依据：
《中华人民共和国种子法》第二十八条第二款
任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖和为繁殖而进行处理、许诺销售、销售、进口、出口以及为实施上述行为储存该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。
《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定(二)》第十三条
销售不知道也不应当知道是未经品种权人许可而售出的被诉侵权品种繁殖材料，且举证证明具有合法来源的，人民法院可以不判令销售者承担赔偿责任，但应当判令其停止销售并承担权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
1.店家直接赔偿：
如果店家在未经品种权人许可的情况下，销售了受品种权保护的花卉繁殖材料，且无法证明其具有合法来源，那么店家可能需要直接承担赔偿责任。
根据《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定(二)》第十三条，销售不知道也不应当知道是未经品种权人许可而售出的被诉侵权品种繁殖材料，且举证证明具有合法来源的，人民法院可以不判令销售者承担赔偿责任。反之，若无法证明合法来源，店家则需赔偿。
2.追溯至侵权源头：
如果店家能够证明其销售的花卉具有合法来源，如从正规渠道进货、支付了合理对价，并留存了相关证据，那么其可能免除赔偿责任。
在此情况下，品种权人可能会选择追溯至侵权源头，即提供侵权花卉繁殖材料的供应商或生产商，要求其承担赔偿责任。
法律依据：
《中华人民共和国种子法》第二十八条第二款
任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖和为繁殖而进行处理、许诺销售、销售、进口、出口以及为实施上述行为储存该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。
《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定(二)》第十三条
销售不知道也不应当知道是未经品种权人许可而售出的被诉侵权品种繁殖材料，且举证证明具有合法来源的，人民法院可以不判令销售者承担赔偿责任，但应当判令其停止销售并承担权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
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