权利人实际损失是损失判定的首要依据。这包括因侵权行为导致的利润减少、销售额下降、市场份额缩减等直接损失，以及预期收益的丧失。若权利人因侵权行为丧失商业秘密的独占性，导致竞争优势受损，相关损失亦可纳入考量。
侵权人获利是损失判定的次要标准。当权利人损失难以计算时，可依据侵权人因侵权行为所获得的利益确定赔偿数额。
侵权人的获利通常根据其侵权产品的销售量、销售单价、利润率等因素综合计算。若侵权人以侵权为业，其获利可按销售利润(毛利润)认定。
商业秘密许可使用费的合理倍数及法定赔偿是损失判定的补充手段。当权利人损失与侵权人获利均无法确定时，可参照该商业秘密许可使用费的合理倍数确定赔偿数额。
若上述方法均难以适用，法院可根据商业秘密的性质、侵权行为的情节等因素，确定法定赔偿，最高可达五百万元。此外，对于披露型侵权行为，若商业秘密因披露而丧失价值，可依据研发成本或商业价值认定损失。
商业秘密的三性要件是行为认定的前提，若信息不符合任一要件，则不构成商业秘密，相关行为亦不构成侵权。
秘密性要求信息不为公众所知悉，即未通过公开渠道可普遍获取;保密性要求权利人采取合理保密措施，如签订保密协议、设置访问权限等;价值性则要求信息具有现实或潜在的商业价值，能为权利人带来竞争优势。
行为模式上，侵犯商业秘密主要包括非法获取、非法使用与非法披露三类。
非法获取指以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入等不正当手段获取商业秘密;非法使用指违反保密义务或权利人要求，使用或允许他人使用商业秘密;非法披露指向他人披露、公开商业秘密，或允许他人使用通过不正当手段获取的商业秘密。教唆、引诱、帮助他人实施侵权行为的，亦属共同侵权。
特殊情形中，第三人明知或应知商业秘密系非法获取仍获取、使用或披露的，构成间接侵权。员工违反保密义务或竞业限制协议，将商业秘密泄露给新雇主或自行使用的，亦属侵权。
此外，行为人虽获取商业秘密，但未实际使用或披露，且无进一步传播风险的，可能不构成实质性侵权，但需承担停止侵害等民事责任。
情节严重的认定以重大损失为核心标准。司法实践中，重大损失通常指经济损失数额达三十万元以上，或导致权利人破产、重大经营困难等情形。
损失计算涵盖直接损失与间接损失：直接损失包括权利人因侵权行为减少的利润、增加的研发成本;间接损失则涉及竞争优势丧失、商业信誉下降等难以量化的损害。
若侵权行为导致商业秘密灭失或被公众知悉，损失数额可按商业秘密的研发成本、市场价值综合确定。
量刑时，司法机关会综合考量侵权手段、主观故意、危害后果等因素。以不正当手段获取商业秘密，如盗窃、电子侵入、胁迫等，或披露、使用前述手段获取的商业秘密，均属加重情节。
若侵权人明知或应知商业秘密来源非法仍实施侵权行为，亦构成主观故意。对于多次侵权、造成恶劣社会影响或权利人损失特别巨大的案件，量刑可能趋重。此外，侵权人若存在自首、立功、赔偿损失等情节，可能依法从宽处理。