根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条第一款规定，国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役;差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。此条款明确划分了该罪的两个量刑档次，核心依据为财产差额是否达到“特别巨大”标准。
司法实践中，量刑需综合考量犯罪情节、社会危害性及犯罪人主观恶性。如果犯罪持续时间较长，或导致原配偶精神失常、自杀等严重后果，法院可能接近十年有期徒刑上限量刑。如果犯罪时间较短，未对原家庭造成实质性损害，且犯罪人主动认罪悔罪，可能判处拘役或六个月以下有期徒刑。
自首、立功等法定从宽情节可依法减轻处罚。根据《中华人民共和国刑法》第六十七条规定，自首可减少基准刑30%以下，立功表现可减少20%以下。
财产差额的计算方式直接影响量刑基础。根据最高人民法院《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》，非法所得数额为行为人全部财产与支出总和减去合法收入。
财产范围包括房产、车辆、存款、股票等动产与不动产;支出涵盖消费、赠与等对外支付款物;合法收入包括工资、奖金、合法继承等。计算时需将共同生活家庭成员的财产、支出纳入统计，并扣除其合法收入及个人非法所得。
法律未对“差额特别巨大”设定统一数额标准，其认定需结合司法实践及地区经济发展水平综合判断。根据最高人民检察院《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》，巨额财产来源不明罪的立案标准为差额在三十万元以上，但“特别巨大”通常指远超该数额的情形。司法实践中，部分地区将差额特别巨大的起点掌握在一百万元以上，也有地区根据人均收入、消费水平等因素动态调整标准。
认定差额特别巨大时，司法机关会重点审查以下因素：财产具体数额与地区经济水平的对比关系，如地区人均年收入为五万元，行为人差额达五百万元可能被认定为特别巨大;财产来源不明程度的关联性，如行为人拒不说明财产来源、提供的线索无法查证或查证不属实;社会影响及危害后果，如差额财产涉及贪污、受贿等关联犯罪，或导致公共利益受损的，可能加重认定。
差额特别巨大的认定直接影响量刑幅度。根据《刑法》第三百九十五条，差额特别巨大时量刑起点为五年有期徒刑，最高可达十年。司法机关在量刑时会严格区分“巨大”与“特别巨大”的界限，避免量刑失衡。如果行为人主动交代部分财产来源，使不明财产数额降低至“巨大”标准以下，可能从轻处罚;如果抗拒调查、毁灭证据或转移财产，可能从重处罚。
财产差额的追缴是该罪的重要法律后果。根据《刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物应当予以追缴或责令退赔。在巨额财产来源不明罪中，差额部分被推定为非法所得，无论是否实际用于违法活动，均需上缴国库。如果行为人能证明差额财产的部分合法性，仅需追缴无法说明来源的部分。追缴程序需严格依照《刑事诉讼法》及相关司法解释执行，确保程序合法性与实体公正性。