1、准备起诉材料并明确保密请求
当事人提起诉讼时，除提交起诉状、合同文本、违约证据外，须一并提交《不公开审理申请书》及《保密承诺书》，说明涉密内容范围及理由。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十四条，涉及商业秘密的案件，当事人申请不公开审理的，可以不公开审理。
2、向有管辖权的法院立案
涉密合同纠纷一般由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如合同涉及技术秘密或知识产权，可能需由具有知识产权案件管辖权的中级人民法院受理。立案时应主动告知案件涉密性质，以便法院启动保密程序。
3、申请证据保密与限制查阅
根据《最高人民法院关于知识产权民事诉讼证据的若干规定》第二十四条，当事人可申请对涉密证据采取封存、加密、限制复制等保护措施。法院可要求对方当事人签署保密协议后方可接触相关材料。
4、参与不公开庭审
庭审全程不对外公开，旁听人员仅限必要诉讼参与人。法官可要求双方律师及代理人具备相应保密资质。庭审中涉及核心秘密的部分，可采用“保密分层”方式，仅向合议庭完整披露，对方仅获知必要信息。
5、判决书作脱敏处理
法院在制作裁判文书时，将对涉密信息进行技术遮蔽或概括表述，确保不泄露商业秘密。如确需载明关键技术细节，可另行制作保密附件，仅向当事人送达，不上传至公开裁判文书网。
6、执行阶段继续保密
如胜诉进入执行程序，法院对查封、扣押的涉密资料仍采取保密管理，执行人员须签署保密承诺，防止信息二次泄露。
涉密合同纠纷律师收费实行市场调节价，无政府统一定价，但需符合《律师服务收费管理办法》相关规定。费用主要取决于案件标的额、技术复杂度、涉密等级及律师专业背景。
普通涉密合同纠纷，如涉及一般商业合作条款或非核心技术信息，一审律师费通常在5万至10万元之间。该费用包含立案、举证、出庭、质证等全流程服务，但不含差旅、鉴定、翻译等第三方支出。
如合同涉及专利技术、源代码、生产工艺等高价值商业秘密，律师需具备技术背景或联合专家团队，费用显著上升。此类案件一审收费多在10万至20万元，部分重大案件可达30万元以上。
律师收费方式包括按件收费、按标的额比例收费或计时收费。涉密案件因风险高、责任重，多数律所采用固定费用加风险代理模式。风险代理部分不得超过标的额30%，且不得适用于刑事或行政案件。
客户应聘请具有知识产权或涉密案件经验的律师事务所。2026年司法部鼓励律所建立保密管理体系，具备国家认证的保密资质的律所更受法院认可，其出具的保密方案也更具效力。
符合条件的企业可申请法律援助或专项维权补贴。部分地区对中小企业涉密维权提供财政支持，最高可覆盖50%律师费用，需提前向当地司法行政机关咨询申报流程。