当公司发现员工存在收受回扣的行为，并决定采取法律行动时，首先需要明确的是，这并非直接向法院“起诉”员工，而是根据行为的严重程度，选择不同的法律路径。核心在于区分该行为是属于民事侵权范畴，还是已经触犯了刑法，构成了犯罪。
如果员工收受回扣的金额较小，未达到刑事立案的标准，公司通常采取的是民事诉讼的方式。公司作为原告，需要向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求该员工返还其非法获取的回扣款项，并赔偿因此给公司造成的经济损失。
如果员工收受回扣的金额较大，达到了刑事立案的追诉标准，那么该行为就可能涉嫌构成非国家工作人员受贿罪。此时，公司的正确做法是整理好相关证据，向公司所在地或犯罪行为发生地的公安机关经济犯罪侦查部门进行报案。公安机关在接到报案后，会对材料进行审查，如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，就会正式立案侦查。
在报案被公安机关受理后，案件就进入了刑事司法程序。后续的侦查、审查起诉乃至法院审判，都将由国家的公权力机关主导，公司则作为受害方配合调查。刑事追责的力度远大于民事诉讼，一旦罪名成立，员工将面临有期徒刑、拘役以及罚金等严厉的刑事处罚。
引用法条
《刑法》第一百六十三条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
公司是否会追究员工拿回扣的行为，并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是一个综合了法律、管理、成本等多方面因素的复杂决策。从法律和公司治理的角度看，追究是常态，不追究反而是特例。
首先，员工收受回扣直接损害了公司的经济利益。无论是采购环节抬高价格，还是销售环节压低价格，回扣的本质都是从公司利润中切走一块。
任何一个以营利为目的的企业，都难以容忍这种内部的“蛀虫”行为长期存在。因此，从挽回经济损失的角度出发，公司有强烈的动机去追究。
其次，放任回扣行为会严重破坏公司的管理秩序和企业文化。如果一名员工拿回扣而没有受到任何惩处，这会在团队内部产生极坏的示范效应，导致其他员工效仿，最终可能引发塌方式的腐败，使公司的内部控制体系完全失效。
当然，也存在一些公司选择不追究或从轻处理的情况。这通常发生在回扣金额极小，对公司影响微乎其微，或者涉事员工是核心技术人员，公司出于稳定团队的考虑而选择内部处理。但这属于管理上的权宜之计，并不能改变该行为的违法性质。
即便公司出于某种考虑决定不追究，也不代表员工就彻底安全了。因为非国家工作人员受贿罪属于公诉案件，一旦相关线索被竞争对手、离职员工或其他渠道举报至司法机关，公安机关依然可以主动介入调查。届时，员工将面临法律的严惩，而公司也可能因管理不善而受到牵连。
引用法条
《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。