员工旷工三天被按自动离职处理是否合法，不能一概而论，核心取决于用人单位的规章制度是否合法有效，以及处理流程是否符合法律规定，法律并未直接规定旷工三天可自动离职，该处理方式的合法性需结合具体情形判断。
《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
如果用人单位的规章制度明确规定旷工三天属于严重违反劳动纪律，且该规章制度经过民主程序制定、内容合法，同时已向劳动者公示告知，那么用人单位按自动离职处理，解除与员工的劳动合同，符合法律规定，无需向员工支付经济补偿。
如果用人单位没有相关规章制度，或者规章制度未经过民主程序、未公示告知，甚至内容违反法律规定，那么按旷工三天自动离职处理则不合法，属于违法解除劳动合同。
员工有权要求用人单位继续履行劳动合同，或者要求用人单位支付赔偿金，赔偿金按经济补偿标准的二倍计算，经济补偿按员工在本单位工作年限，每满一年支付一个月工资，假设员工月工资6000元，工作3年，赔偿金为36000元。同时，用人单位还需补足员工旷工期间的合法劳动报酬，不得无故克扣。
旷工三天自动离职属于非正常离职，非正常离职的核心是未按法定或约定程序办理离职手续，擅自脱离工作岗位，旷工三天自动离职完全符合这一特征，与正常离职有明确区别，其法律后果也与正常离职不同。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律规定的正常离职程序，正常离职需劳动者提前通知用人单位，办理完工作交接等手续后，双方解除劳动关系，不存在违规情形。
旷工三天自动离职，是员工未提前通知用人单位，也未办理任何离职手续，擅自旷工达三天，被用人单位按自动离职处理，属于被动离职，且带有违规性质。这种离职方式不属于法律规定的正常离职范畴，属于非正常离职，员工需承担相应的法律责任。
非正常离职与正常离职的核心区别在于离职程序是否合法合规，正常离职遵循提前通知、办理交接的流程，而旷工三天自动离职未履行任何法定程序。
此外，非正常离职可能导致员工无法正常转移社保、档案，影响后续就业，同时如果员工的旷工行为给用人单位造成经济损失，用人单位有权要求员工赔偿，赔偿金额按实际损失核算，一般不超过员工当月工资的20%，如果损失超过当月工资20%，可依法另行追偿。
综上所述，员工旷工三天自动离职处理是否合法，取决于用人单位规章制度的合法性和公示情况。旷工三天自动离职属于非正常离职，员工可能面临赔偿损失、社保档案转移困难等后果。劳资双方应遵守劳动法规，规范离职流程，避免引发劳动纠纷。