保密协议违约金赔偿标准通常遵循以下原则：
1.有约定从约定：若保密协议中明确约定了违约金数额或计算方法，一般应按照协议约定执行。但需满足以下条件：
约定公平合理，不违反法律法规强制性规定及公序良俗;
违约金上限通常不超过实际损失的30%，若约定过高或过低，当事人可请求法院或仲裁机构调整。
2.无约定按实际损失赔偿：当协议未约定赔偿标准时，违约方需赔偿守约方因违约行为遭受的实际损失，包括：
直接损失：如订单流失、利润减少、客户流失造成的经济损失;
间接损失：如为防止损失扩大支出的合理费用、市场声誉受损带来的潜在损失、市场竞争优势的丧失等。
3.违约金调整规则：
若约定违约金过分高于实际损失(通常超过30%)，违约方可请求法院或仲裁机构适当减少;
若约定违约金低于实际损失，守约方可请求法院或仲裁机构增加至实际损失金额。
4.劳动关系中的特殊限制：
根据《劳动合同法》，用人单位与劳动者约定违约金仅限于违反服务期或竞业限制约定;
单纯约定违反保密义务的违约金可能因违反法律强制性规定而无效，此时用人单位需通过主张实际损失赔偿维护权益。
对于单纯的保密协议，法律并没有强制规定用人单位必须向劳动者支付保密费。保守商业秘密是劳动者基于诚实信用原则和对企业的忠实义务应尽的职责，这种义务是法定的，并不以公司是否支付额外费用为前提。
只要保密协议的内容是双方真实意思的表示，且没有违反法律的强制性规定，即使协议里只字未提保密费，或者公司明确表示不支付保密费，这份协议依然是合法有效的。员工不能因为没收到钱，就拒绝履行保守公司商业秘密的义务。
很多职场人容易把“保密费”和“竞业限制补偿金”搞混。如果公司限制你离职后不能去同行工作，这属于竞业限制，公司必须按月给钱，否则你可以不受限制。但单纯的保密协议只是要求你“管住嘴”，不泄露公司秘密，公司没有法定的付费义务。
当然，法律不强制给，不代表不能给。如果公司在保密协议中自愿承诺支付保密费，或者在工资结构中明确列出了保密津贴，那么这就属于合同约定的一部分。公司必须按照约定履行支付义务，如果拖欠，员工可以依据协议进行追讨。
大家在签协议时，一定要看清楚条款内容。如果协议只要求你保密，没有限制你的就业自由，那么无论给不给钱，你都要严格遵守保密约定。一旦违规泄密给公司造成损失，公司完全有权追究你的赔偿责任。
法律依据：
《劳动合同法》第二十三条：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。