1.使用范围与用途
公章：作为公司处理内外部事务的全面印鉴，公章具有最广泛的法律效力。它用于工商、税务、银行等外部事务，以及公司内部的重要文件签署，如规章制度发布、人事任免等，代表公司的法人意志。
合同章：专门用于签订公司各类经济合同，如商业合同、采购合同、销售合同等。其使用范围严格限定于合同事务，体现公司在合同签订方面的特定意思表示。
2.法律效力
公章：加盖公章的文件或合同，通常被视为公司的正式意思表示，公司需承担由此产生的一切法律责任。公章的法律效力具有普遍性和权威性。
合同章：在合同签订领域，合同章具有与公章等同的法律效力。只要合同内容合法合规，加盖合同章即可构成合同生效的必要条件之一。但合同章的使用范围仅限于合同领域。
3.管理要求与外观样式
公章：刻制与管理更为严格，需经公安机关指定单位刻制，并由特定人员保管，使用时需严格登记备案。公章通常为圆形，包含公司名称全称、注册地址、注册资本、法定代表人等基本信息。
合同章：虽也需按规定刻制和管理，但审批流程可能相对简化。合同章的形状和字样因公司而异，但会明确标注“合同专用章”或类似字样以区别于其他印章，同样多为圆形。
在签订合同这一特定场景下，公章与合同专用章的法律效力是一样的。根据我国相关法律规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。法律并未区分公章和合同章的效力层级。
只要加盖的是真实、合法且在授权范围内使用的印章，无论是公章还是合同专用章，都视为公司对合同条款的认可，并愿意承担相应的法律责任。司法实践中，法院通常认定两者在缔约时具有同等的法律约束力。
如果合同约定“自双方加盖公章之日起生效”，但实际只加盖了合同专用章，该合同依然有效。因为合同专用章本身就是专门用于签订合同的法定标识，加盖合同专用章完全符合双方订立合同的真实意思表示。
不过，超出合同签订的范围，两者的效力就大不相同了。在办理银行贷款、税务申报、工商变更或出具对外担保函等非合同事务时，通常必须加盖公章才具有法律效力。此时使用合同专用章，可能因为超越印章的法定用途而被认定为无效。
引用法条
《民法典》第四百九十条：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
《民法典》第一百七十二条：行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。