两者的法律渊源是特殊与一般的关系。民法典第七百七十条规定，承揽合同是承揽人按照定作人要求完成工作、交付工作成果，定作人支付报酬的合同。第七百八十八条规定，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。民法典第八百零八条明确，建设工程合同一章没有规定的，适用承揽合同的有关规定。这说明建设工程合同本质上是承揽合同的特殊类型。
主体资质要求不同。建设工程实行市场准入制度，承包人和发包人都必须具备相应资质，自然人不能成为建设工程合同的承包人。最高法建工司法解释一第一条明确规定，承包人未取得建筑业企业资质或超越资质等级的，合同无效。承揽合同则没有这个限制，自然人和普通企业都可以成为承揽人。
合同标的性质不同。建设工程合同的标的是工程建设，最终形成不动产或深度附着于不动产的构筑物，涉及公共安全和公共利益。承揽合同的标的则是动产或可移动成果，比如加工零件、定制家具、修理设备。法院在认定时会看合同内容是否涉及土木工程、建筑工程、线路管道和设备安装。
行政监管强度不同。建设工程从立项、规划、用地到施工、验收，全过程受国家多部门严格监管。最高法建工司法解释一第三条明确，发包人未取得建设工程规划许可证的，施工合同无效。承揽合同以当事人合意为主，行政一般不予干预，不需要报建审批手续。
合同形式不同。民法典第七百八十九条明确规定，建设工程合同应当采用书面形式。承揽合同则灵活得多，既可以是书面形式，也可以是口头形式或者其他形式。实践中口头承揽合同大量存在，只要双方达成合意就成立。
建设工程合同纠纷部分适用专属管辖，部分不适用。根据民事诉讼法第三十四条第一项，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。民诉法解释第二十八条第二款进一步明确，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖。
具体来说，建设工程合同纠纷下的九个四级案由中，七类适用专属管辖。最高人民法院在(2017)最高法民辖30号裁定书中明确，建设工程施工合同纠纷、建设工程价款优先受偿权纠纷、建设工程分包合同纠纷、建设工程监理合同纠纷、装饰装修合同纠纷、铁路修建合同纠纷、农村建房施工合同纠纷，这七类均适用工程所在地法院专属管辖。
两类不适用专属管辖：建设工程勘察合同纠纷和建设工程设计合同纠纷。这两类合同的主要工作不是在工程所在地完成的。勘察合同需要在工地现场进行勘察工作，但勘察报告的出具、数据分析、图纸绘制等工作是在勘察单位内部完成的。设计合同更是以设计单位的图纸绘制工作为主，虽然成果用于特定工程，但工作地点不在工地。
专属管辖是强制性的，当事人不能通过协议约定改变管辖法院。建设工程施工合同纠纷中，如果合同双方约定了非工程所在地的法院管辖，该约定因违反专属管辖规定而无效。法院会依职权审查，发现管辖错误的，会裁定将案件移送至工程所在地有管辖权的法院。
勘察合同和设计合同不适用专属管辖，当事人可以协议选择管辖法院。民事诉讼法第三十五条规定，合同双方可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这给勘察和设计合同的当事人留下了较大的选择空间。