在《》第46条中有明确规定，发生的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决。
协商解决医疗纠纷是司法自治原则的具体体现。民事主体可以在符合法律规定的范围内自由处分自己的民事权利，因此医患双方当事人可以在法律允许的范围内对医疗事故的赔偿等责任的争议通过自行协商的方式加以解决。
医患双方协商的成果——协议书，具有民事合同的性质。因此，协议一经达成，双方当事人应当自觉履行。但是，由于其是一种私下协议，因此，对人民法院审理案件不具有约束力，任何一方当事人在协议达成后，仍然可以“协议存在重大误解”、“显失公平”等提起诉讼，不能因此产生剥夺或者限制一方当事人诉权的法律效力。
但是和解协议书毕竟属于双方的和约，因此，对于已经达成协议的案件的审理，原则上人民法院应当按照合同纠纷来审理。