保密审查员对确定需要保密的专利申请案卷做出保密标记，建立保密案卷位置状态卡，在计算机系统中做出处理,在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行管理。
保密专利申请的初步审查和实质审查均由国家局专利局指定的审查员进行。初步审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行，初步审查合格的保密专利申请不予公布，已有实质审查请求并缴纳实质审查费的，直接进入实质审查程序。
实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予专利权通知，并由保密审查员通知申请人办理专利权登记手续。
保密专利申请的授权公告仅公布专利分类号、专利号、专利申请日和授权公告日。