用地单位或个人，在进行非农业建设申报用地前，必须落实耕地占用税的资金来源;审批用地时，土地管理部门根据用地计划及征收机关开具的预缴税款凭证、验资证明或免税证明，办理用地手续;征收机关依据土地管理部门批准的实际用地数，与纳税人办理纳税手续，对预缴的税款，实行多退少补。实行预缴税款的好处，
一是能够促使占用耕地的单位或个人，尽量节约使用耕地;
二是能够有效地防止偷税、欠税现象的发生;
三是征收机关变被动征税为主动征税.从而保证了耕地占用税及时足额地收缴入库。