依据国税发[2002]10号《关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》规定：
一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”(样式附后)，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
二、一般纳税人发生丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票情况，必须及时向所在地主管税务机关报告，税务机关应对其报告的丢失发票是否已申报抵扣进行检查，对纳税人弄虚作假的行为，按照有关的法律法规进行处理。
另根据《关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》国税发[2002]10号)，普通发票的丢失和货物运输发票的丢失都不能凭复印件记帐，因此，运费发票丢失就不能抵扣，也不能进行税前列支。