首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件(用A4纸复印，可复印在同一张纸上)以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张(也可现场拍照，费用自付)，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
【办理时限】自受理之日起10个工作日(首次或非首次申请)。但均不含邮递日(一般在五天左右)以及节假日。
【费用】《往来港澳通行证》每本80元;一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。
港澳通行证续签，一般需要7个工作日内就可以领取的，若当地具有自助签注机的情况，公民只需要带上港澳通行证原件(卡式)以及本人身份证原件前往办理，当场就可以办理续签。
《往来港澳通行证、签注申请须知》办证时限公安机关出入境管理部门受理往来港澳通行证申请后，应当在10个工作日内予以签发;单独受理签注申请后，应当在7个工作日内予以签发。因所在地区交通不便或者因特殊情况，不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理部门批准，签发时间可以延长至20个工作日。
按照公安部有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证、签注的，公安机关出入境管理部门应当在30日内予以签发。内地居民因赴港澳地区治病、探望危重病人、奔丧等特殊情况急需申请往来港澳通行证、签注的，公安机关出入境管理部门应当按照急事急办原则，优先审批办理。
申请港澳通行证，若公民不满足当地申办条件，或者公民提供的资料不满足办理要求的，办证人员是有权拒绝公民申请办理的业务的，公民可以跟相关人员咨询具体被拒绝的理由。
《往来港澳通行证、签注申请须知》
(一)内地居民单独申请往来港澳通行证，应当按要求填写申请表，回答有关询问并提交下列材料：
1、提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片;
2、交验申请人居民身份证原件，申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿;军人应交验军人身份证明。上述身份证件须留存复印件或者电子扫描图片;
3、按规定提交或者核验指纹信息;
4、按照公安部有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证的，还须提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明;
5、军人、登记备案的国家工作人员，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意办理出入境证件的函;
6、未实行按需申领护照地区的内地居民，还须按照有关规定出具相关证明材料。