保密协议是由用人单位和劳动者协商签订的，不能强迫劳动者签订，所以劳动者不签订保密协议的，劳动合同解除后，用人单位要支付工资，所以离职不签保密协议还扣薪资是不合法的。
根据《中华人民共和国劳动合同法》
第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
员工不同意签保密协议的，用人单位不得强迫劳动者签保密协议，由双方协商处理。用人单位可以不安排劳动者接触公司秘密的工作，或者不录用劳动者。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 【竞业限制的范围和期限】竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
(一)约定对象要明确。首先，保密协议的签订并不是针对全体员工的，劳动合同法第二十四条第一款规定：“竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。”也就是说没有掌握公司商业秘密的普通员工是不受此约束的。
(二)约定时间不能过长。有的企业在保密协议中约定员工今后不得再从事相关行业，这个显然是不符合法律规定的。劳动合同法第二十条第二款规定：“在解除或者终止劳动合同后，(负竞业禁止义务的)人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。”
(三)违约金约定不能过高。违约金的约定不能没有根据的约定高价，有的企业在违约金条款上一味的求高是不正确的。违约金的约定应该根据行业的情况和预计的企业损失进行约定。
(四)需要约定补偿。
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