建议委托专业人士，根据你们的具体协议事项书写比较稳妥。
医疗事故赔偿协议书应当写明以下内容：
1、了解患者基本情况；
2、了解医疗事故原因；
3、甲乙双方共同认定的医疗事故等级；
4、确认赔偿的数额；
5、确认赔偿款给付的时间；
6、确认违约责任及解决方法；
7、最后签字盖章写生效日期。
法律依据
《医疗事故处理条例》第五十一条
《医疗事故处理条例》第五十一条【医疗纠纷】：
参加医疗事故处理的患者近亲属所需交通费、误工费、住宿费，参照本条例第五十条的有关规定计算，计算费用的人数不超过2人。
医疗事故造成患者死亡的，参加丧葬活动的患者的配偶和直系亲属所需交通费、误工费、住宿费，参照本条例第五十条的有关规定计算，计算费用的人数不超过2人。
医疗事故鉴定需要走的程序有：
1、受理，医鉴办接到委托书后，进行审核并出具受理的通知书;
2、组成鉴定组后，医鉴办根据事故争议所涉及的学科，确定专家鉴定组的构成与人数;
3、组织鉴定，医鉴办在召开鉴定会前1周内通知医、患与鉴定专家三方。
4、鉴定组形成鉴定结论。
法律依据
《医疗事故处理条例》第三十四条
《医疗事故处理条例》第三十四条【医疗纠纷】：
医疗事故技术鉴定，可以收取鉴定费用。经鉴定，属于医疗事故的，鉴定费用由医疗机构支付；不属于医疗事故的，鉴定费用由提出医疗事故处理申请的一方支付。鉴定费用标准由省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同同级财政部门、卫生行政部门规定。
《医疗事故处理条例》第二十条
《医疗事故处理条例》第二十条【医疗纠纷】：
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
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