农村违建房屋的强拆管理部门并非单一主体，而是根据违建所在区域规划属性和违建类型，由不同部门依法行使管理职权，各部门的管理权限均有明确法律依据。
乡镇人民政府是乡村规划区内违建强拆的核心管理部门。《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的，可以拆除。
该法条明确了乡镇人民政府对乡村规划区内违建的直接管理职责，包括作出责令停止建设、限期改正决定，以及在当事人逾期不改正时实施拆除，这是农村违建强拆最主要的管理主体。
县级以上人民政府城乡规划主管部门，负责相关规划区内违建的管理工作。《中华人民共和国城乡规划法》第六十八条规定，城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除措施。
如果农村违建涉及非法占用土地，尤其是违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，则由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理。
《中华人民共和国土地管理法》相关规定明确，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
农村违建强拆执法必须遵循严格的法定流程，任何未按流程实施的强拆行为都可能构成违法，具体流程如下：
1、立案调查
执法部门发现涉嫌农村违建行为后，应当依法立案，并指派执法人员对涉案建筑进行现场核查，核实建筑是否取得相关规划许可手续，建设是否符合许可要求，同时固定建筑位置、面积、建设现状等证据，确保调查事实清楚。
2、作出行政处理决定
经调查确认属于违建的，有权部门应当作出责令停止建设或者限期改正的行政决定，并依法送达当事人，告知当事人作出决定的事实、理由和依据，以及当事人依法享有的陈述权和申辩权。
3、催告履行义务
当事人在行政决定确定的期限内未履行义务的，执法部门应当依据《中华人民共和国行政强制法》第三十五条规定，事先催告当事人履行义务，催告应当以书面形式作出，载明履行义务的期限、方式等事项。
4、作出强制执行决定
经催告，当事人逾期仍不履行行政决定且无正当理由的，执法部门可以作出强制执行决定，强制执行决定应当以书面形式作出，载明当事人信息、强制执行的理由、依据、方式、时间以及申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限等内容。
5、公告与送达
强制执行决定作出后，应当依法公告，告知当事人强制执行的相关事项。催告书、强制执行决定书等法律文书应当直接送达当事人，当事人拒绝接收或者无法直接送达的，应当依照相关规定送达。
6、实施强制拆除
当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行强制执行决定的，执法部门方可依法实施强制拆除。实施过程中应当制作现场笔录，记录拆除情况，并全程留存影像资料，禁止在夜间或者法定节假日实施行政强制执行。
农村违建强拆管理以乡镇政府为核心，城乡规划和自然资源部门分工配合。强拆需严格遵循立案调查、催告、公告等法定流程，了解这些能帮助判断执法合法性，遇到违法强拆可依法维权，保障自身合法权益不受侵害。