1.商标民事纠纷
商标纠纷中最常见的是民事案件，主要包括商标侵权、商标许可使用、商标转让、商标权属等纠纷，核心是平等主体间的财产权益和人身权益争议，适用民事法律规定，当事人可通过诉讼、调解等方式主张权利，此类案件在商标纠纷中占比最高。
2.商标行政纠纷
涉及商标行政机关具体行政行为的纠纷属于行政案件，比如商标注册驳回、商标撤销、商标异议、商标无效宣告等相关纠纷，原告为相关当事人，被告为作出行政行为的商标行政机关，需通过行政诉讼解决，核心是审查行政行为的合法性。
3.商标刑事纠纷
情节严重的商标违法行为会构成刑事案件，主要涉及假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等，比如未经商标注册人许可在同一种商品上使用相同商标且情节严重的，属于刑事案件，需追究刑事责任，由司法机关依法立案处理。
4.交叉案件情形
部分商标纠纷会出现刑民交叉或行民交叉情形，比如商标侵权行为同时涉嫌刑事犯罪，需优先处理刑事案件，再依法解决民事赔偿问题;行政纠纷与民事纠纷相关联的，可分别处理或一并处理，具体需结合纠纷实际情况判定。
商标纠纷案件的管辖需遵循地域管辖与级别管辖相结合的原则，核心是便于案件审理和当事人维权，不同性质的商标纠纷，管辖法院的确定标准不同，需结合纠纷类型和法律规定精准判定，避免管辖错误延误维权时机。
商标民事纠纷案件，地域管辖一般由侵权行为地或被告住所地法院管辖，侵权行为地包括侵权行为实施地、侵权结果发生地，以及侵权产品制造地、储存地、运输地、销售地等相关地点。级别管辖通常由中级以上法院管辖，部分基层法院经批准也可管辖简单的商标民事纠纷。
商标行政纠纷案件，管辖法院统一为中级以上人民法院，地域管辖一般由作出具体行政行为的商标行政机关所在地法院管辖。当事人不服商标行政机关作出的相关决定提起诉讼的，需向指定级别的法院提起，确保行政诉讼的公正、高效审理。
商标刑事案件案件，管辖遵循刑事诉讼相关规定，地域管辖由犯罪地或被告住所地法院管辖，犯罪地涵盖与犯罪行为相关的各类地点，多个犯罪地存在争议的，由最初受理的法院或主要犯罪地法院管辖。级别管辖一般由中级以上法院管辖，情节较轻的刑事案件可由基层法院管辖。
特殊情形下，当事人对商标纠纷案件的管辖法院有异议的，可在法定期间内提出管辖异议申请，法院将依法审查并作出裁定。多个法院对同一案件有管辖权的，当事人可选择其中一个法院提起诉讼，保障当事人的诉讼选择权。