证据不足且犯罪嫌疑人不认罪时，检察院不会强行起诉，会结合案件具体情况，依法作出不同处理，核心是遵循以事实为根据以法律为准绳的原则，保障无罪的人不受刑事追究，同时确保案件办理的合法性和公正性。
犯罪嫌疑人不认罪本身不影响案件办理，检察院核心审查的是证据是否达到起诉标准，而非当事人是否认罪，具体不同情况处理如下：
(一)需要补充侦查的，退回公安机关补充侦查或自行侦查
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
同时，第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件后，认为现有证据虽不足，但仍有补充可能的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕，补充侦查以二次为限，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
(二)补充侦查后仍证据不足的，作出不起诉决定
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
(三)无需补充侦查的，直接作出不起诉决定
如果经过审查，检察院认为证据无法补充完整，且没有必要进行补充侦查的，经检察长批准，也可以直接作出不起诉决定。
证据不足时，法院是否立案需区分公诉案件和自诉案件，二者的立案标准不同，不能一概而论说证据不足就一定立案或不立案。法院立案的核心是审查案件是否符合法定立案条件，证据是否充足是后续审理的重点，而非立案的唯一门槛，具体两种案件的立案情况如下：
(一)公诉案件，证据不足仍可能立案
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条规定，人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。
公诉案件由检察院代表国家提起，检察院提起公诉时，会提交完整的案卷材料和证据，法院审查后，只要认为有犯罪事实需要追究刑事责任，就会立案审理，即使法院认为证据不足，也会先立案后，通过庭审进一步核查证据，不会直接以证据不足为由不予立案。
(二)自诉案件，证据不足不予立案
自诉案件由当事人自行起诉，当事人起诉时需提交相应证据，证明有犯罪事实且需要追究刑事责任，如果提交的证据明显不足，无法证明存在犯罪事实，法院会不予立案，并告知当事人补充证据后再行起诉，补充证据后仍不足的，法院将依法裁定不予受理。
证据不足情况下的拘留时长，有明确的法律上限，核心依据是案件复杂程度和犯罪嫌疑人的涉案情形，拘留期限届满后，公安机关必须及时作出释放或变更强制措施的决定，不得随意延长拘留期限，这是保障公民人身权利的重要法律规定，具体不同情况的拘留时长如下：
(一)普通案件，拘留最长七日
《中华人民共和国刑事诉讼法》第八十五条规定，公安机关拘留人的时候，必须出示拘留证。拘留后，应当立即将被拘留人送看守所羁押，至迟不得超过二十四小时。
第八十六条规定，公安机关对被拘留的人，应当在拘留后的二十四小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。同时，第八十九条规定，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。
人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。普通案件证据不足的，拘留最长不超过七日。
(二)特殊案件，拘留最长三十七日
对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日，加上检察院审查的七日，此类案件证据不足时，最长拘留期限为三十七日。
(三)发现不应当拘留的，立即释放
公安机关对被拘留的人，应当在拘留后的二十四小时以内进行讯问，在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明，不受上述期限限制。
综上所述，证据不足且不认罪时，检察院会依法补充侦查或作出不起诉决定。证据不足时法院立案需区分公诉与自诉案件，拘留最长不超过三十七日。了解这些规定，能更好维护自身合法权益，明晰刑事案件办理的法定流程和边界。