1、准确确定九十日期限的起算点。根据《中华人民共和国民法典》第一百五十二条规定，该期限自当事人知道或者应当知道撤销事由之日起计算。所谓“知道”，指实际知晓误解事实;“应当知道”，指依常理可推知的时间。
2、在九十日内向有管辖权的人民法院提起撤销之诉，或依据仲裁协议提交仲裁机构。撤销权不得通过单方通知行使，必须经司法或仲裁程序确认。未启动法定程序的，视为未行使权利。
3、准备充分证据证明存在重大误解。包括对行为性质、标的物特征、对方身份等核心要素的错误认识，以及该错误与意思表示之间的因果关系。证据越完整，越有利于法院认定撤销事由成立。
4、注意九十日为除斥期间，具有不变性。不同于诉讼时效，该期间不因任何事由中止、中断或延长。即使因不可抗力未能及时起诉，亦不能顺延期限。因此，当事人应尽早行动，避免临近截止日仓促应对。
5、在起诉状或仲裁申请书中明确请求撤销具体民事法律行为，并说明基于重大误解的事实与理由。同时可一并提出返还财产、赔偿损失等附属请求，以实现权利救济的完整性。
6、配合法院或仲裁庭的调查程序，如实陈述事实。如对方抗辩称已过除斥期间，法院将主动审查期限是否届满。若确已超期，即便实体上存在重大误解，也将驳回撤销请求。
如果九十日除斥期间已经届满，撤销权依法消灭。此时，当事人不能再以重大误解为由请求法院或仲裁机构撤销原民事法律行为。该行为继续有效，双方须按约履行义务。
即使当事人确实存在重大误解，且遭受明显不利后果，法律亦不再提供撤销救济。这是为了维护交易安全与法律关系的稳定性，防止权利长期处于不确定状态。《中华人民共和国民法典》第一百五十二条对此作出刚性规定。
还存在五年最长保护期。自民事法律行为发生之日起五年内未行使撤销权的，无论是否知晓撤销事由，撤销权一律消灭。九十日与五年期限系双重限制，任一届满即导致权利丧失。
撤销权消灭后，当事人只能寻求其他法律途径。如对方存在违约行为，可依据合同约定主张违约责任;如造成实际损失且符合侵权构成要件，可另行提起损害赔偿之诉。但不得再挑战行为本身的效力。
在极少数情形下，如能证明对方故意隐瞒关键信息导致误解持续未被发现，可能涉及欺诈问题。此时可尝试以欺诈为由主张撤销，但需满足更高证明标准，且同样受相应除斥期间约束。