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在房屋征收决定前，政府会组织有关部门对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，会给予补偿;但对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，则不予补偿。
法律依据
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
违章建筑虽然建了两年没有发现，但因为违建的存在，违法行为处于持续状态，因此，即便违章建筑超过2年，也会被强拆。
对于违法建筑的强拆处理，需要根据司法程序来进行，特别是需要由法院进行裁定之后才可以执行。如果当事人对有关违法建筑的强拆存在异议的，还可以提出行政复议或者行政诉讼来维护自身权益。
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