1、旷工一天扣三天工资不合法。
2、旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。
3、法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
旷工一天被辞退肯定是不合法的，旷工15天或者累计一年旷工15天才会被辞退的。有关部门对此有明确的规定。你可以到劳动仲裁委员会提起申诉，他们会维护你的合法权益的。正常情况下旷工一天会被罚款，或者给纪律处分。但不应该旷工一天就辞退。你应该拿起法律的武器，来维护自己正当的权利。
有四种方式可以选择：
一是行政处分，直至解除劳动合同。对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同;
二是赔偿损失。如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。比如值班人员不到岗导致单位被盗;
三是扣减绩效考核分数。比如单位可以将绩效考核分数与绩效工资挂钩，并规定旷工一天，扣减绩效考核分数5分。劳动者旷工导致绩效考核分数降低，绩效工资自然降低。
四是扣减奖金。在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放政策时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。
员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
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