一、土地权利与作物种植的法律前提
土地使用权人对其依法享有的土地享有占有、使用、收益的排他性权利，他人在该土地上种植作物需以合法依据为前提，否则构成权利侵害。
1. 合法种植的认定
种植人经土地使用权人书面或口头同意种植，双方就作物归属、收获分配等达成约定的，种植行为合法。土地承包经营权流转后，按流转合同约定确定种植权限，流转期间受让方有权在约定范围内种植。
2. 非法种植的认定
未经土地使用权人同意擅自种植，或超越约定范围种植，以及违反《土地管理法》规定改变土地用途种植的，均属于非法种植。非法种植行为侵犯了土地使用权人的物权，权利人有权主张排除妨害。
二、铲除作物的合法性边界
能否铲除作物需区分种植性质，即使是非法种植，也需遵循合法程序，不得随意处置，避免自身构成侵权。
1. 合法种植情形下的处理
种植行为合法时，作物所有权归种植人或按双方约定确定，土地使用权人无权擅自铲除。土地使用权期限届满或流转合同终止，双方应协商作物处置事宜，种植人需在合理期限内收割或移除，逾期未处理的，土地使用权人可要求其承担违约责任，但仍不得擅自铲除成熟作物。
2. 非法种植情形下的处理
非法种植时，土地使用权人可先催告种植人限期移除作物，告知其逾期不处理的法律后果。催告期限届满种植人仍未移除的，土地使用权人可采取合理措施清除，但作物已临近成熟，应给予种植人合理收割时间，减少不必要的损失。
3. 特殊情形的限制
种植作物涉及耕地保护规定，违反《土地管理法》及实施条例，在永久基本农田种植多年生非粮食作物的，土地使用权人不仅有权要求移除，还可向相关部门举报，由部门依法处罚。但土地使用权人仍需通过合法途径处理，不得擅自铲除以规避监管责任。
三、擅自铲除作物的法律责任
无论种植行为是否合法，土地使用权人擅自铲除作物都可能承担相应法律责任，具体依据行为性质和后果认定。
1. 侵权责任的承担
擅自铲除合法种植的作物，或在催告期内、种植人收割期间铲除作物，造成种植人损失的，需承担赔偿责任，赔偿范围包括作物价值、种植投入等。即使是非法种植，未履行催告程序直接铲除，导致损失扩大的，也需对扩大部分损失承担赔偿责任。
2. 违约责任的承担
双方就作物种植有明确约定，土地使用权人违反约定擅自铲除作物的，需按约定向种植人支付违约金，造成额外损失的另行赔偿。流转合同中明确作物处置条款的，优先按合同约定执行。
四、纠纷解决的合法途径
土地使用权人与种植人产生纠纷时，应优先通过协商解决，协商不成可通过法律途径维权，避免采取过激手段。
1. 协商与调解
双方可就作物移除、损失赔偿、收益分配等事宜协商达成一致，签订书面协议。协商不成的，可向当地基层调解组织申请调解，由调解组织促成双方达成和解方案。
2. 诉讼与行政处理
种植人拒不移除非法种植的作物，土地使用权人可向法院提起物权保护诉讼，请求判令种植人排除妨害、移除作物并赔偿损失。涉及耕地保护违规种植的，可向自然资源主管部门举报，由部门依法责令整改、处罚，必要时申请法院强制执行。
3. 证据留存要点
纠纷处理过程中，需留存土地权属证明、种植同意书、流转合同、催告记录等证据，便于证明自身权利及已履行合理程序，为维权提供支撑。