1、合法性审查标准
耕地建房是否合法，需同时满足两个条件：一是符合土地利用总体规划，二是依法办理农用地转用审批手续。根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，应当办理转用审批手续，未取得审批的，不得擅自改变土地用途。
如果房屋建设前已取得县级政府颁发的乡村建设规划许可证，且用地符合乡镇土地利用总体规划，即使占用耕地，也属于合法建筑。合法建筑受法律保护，行政机关不得随意要求拆除。
对于历史遗留问题，如房屋建于《土地管理法》实施前且未扩大用地范围，根据《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》，可按现状确权登记，无需拆除。
2、违法建筑认定程序
行政机关认定耕地建房违法需履行法定程序：首先进行现场勘查，制作勘验笔录并由当事人签字确认;其次调取土地利用总体规划图、卫星遥感影像等证据，证明房屋占用耕地且未获审批;最后向当事人送达《责令改正违法行为通知书》，明确违法事实及整改要求。
根据《行政处罚法》第四十四条，行政机关在作出拆除决定前，应当告知当事人拟处罚内容、事实理由及依据，并听取陈述申辩。当事人要求听证的，行政机关应组织听证，确保程序合法。
违法建筑认定需以书面形式作出，载明房屋位置、面积、建设时间及违法依据。当事人对认定结果有异议的，可在收到通知书之日起六十日内申请行政复议，或六个月内提起行政诉讼。
3、拆除决定执行规则
对于经认定违法的耕地建房，行政机关应首先责令限期拆除，根据《土地管理法》第七十七条，逾期不拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，不得自行组织强拆。
强制执行申请需提交强制执行申请书、行政处罚决定书、房屋现状证据等材料。法院受理后，会进行合法性审查，如认为处罚决定违法，可裁定不予执行。
强制执行过程中，行政机关需制作执行笔录，记录执行时间、方式及结果，并由在场人员签字。强制拆除费用由违法当事人承担，行政机关不得以拆代管、以罚代拆。
4、特殊情形处理方式
如果房屋属于农业生产设施，如温室大棚、养殖场等，根据《自然资源部农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，可按设施农业用地管理，无需办理农用地转用审批，但需备案并符合用地规模限制。
对于因自然灾害毁损的房屋，在原址重建且不扩大用地范围的，根据《土地管理法》第六十二条，可简化审批程序，但需在动工前向乡镇政府备案，避免被认定为违法建筑。
如果房屋涉及少数民族风俗习惯或宗教活动场所，行政机关在处理时应遵循《宗教事务条例》相关规定，充分尊重当事人合法权益，避免简单化拆除。
5、法律救济途径
当事人对拆除决定不服的，可通过三种途径维权：一是向上一级行政机关申请行政复议，复议机关应在六十日内作出决定;二是直接向法院提起行政诉讼，法院应在六个月内作出判决;三是申请行政赔偿，如果拆除行为被确认违法，可要求赔偿房屋价值、室内物品损失及临时安置费用。
提起行政诉讼时，需提交起诉状、拆除决定书、损失清单等证据。法院会审查行政机关执法程序是否合法、事实认定是否清楚、法律适用是否正确。
如果行政机关未履行催告程序、未给予陈述申辩机会或拆除时未通知当事人到场，均属程序违法，法院可判决撤销拆除决定或确认强拆行为违法。
6、后续权益保障措施
房屋被拆除后，当事人需及时清理现场，避免影响周边环境。如果拆除导致土地闲置，根据《土地管理法》第三十八条，县级政府可责令限期复垦，逾期不复垦的，可收取土地闲置费。
对于合法建筑被错误拆除的，当事人可依据《国家赔偿法》第四条申请国家赔偿，赔偿范围包括房屋价值、室内物品损失及利息。行政机关应在收到申请之日起两个月内作出赔偿决定。
当事人可参与村庄规划编制，提出合理用地需求，推动建立耕地保护与建设需求的平衡机制。如当地存在普遍性违法用地问题，可联名向人大代表反映，推动地方立法完善。