持有林权证的林地被侵占，权利人可按照固定步骤流程依法维权，核心是依托林权证确认权属，要求侵权人停止侵害、恢复原状并赔偿损失，维权过程中需保留相关证据，确保维权行为合法合规，具体步骤流程如下：
1.第一步，收集固定证据
林地被侵占后，权利人应首先收集相关证据，包括林权证原件、林地被侵占的现场照片、视频，以及能够证明侵权事实的相关材料，同时留存自身经营、管理林地的相关记录，为后续维权提供支撑，避免因证据不足影响维权效果。
2.第二步，与侵权人协商解决
收集完证据后，可尝试与侵权人协商解决，明确告知对方林权证所确认的林地范围，要求其立即停止侵占行为，限期恢复林地原状，造成林木毁坏、林地破坏的，可要求对方承担赔偿责任。
赔偿金额需结合实际损失确定，造成林地毁坏的，可要求赔偿恢复植被和林业生产条件所需费用，具体按恢复实际支出计算，一般每亩赔偿1000至5000元;造成林木毁坏的，按毁坏林木价值赔偿，每株赔偿50至500元，具体根据林木树龄、品种确定。
3.第三步，申请行政处理
如果协商不成，权利人可向相关部门申请行政处理，提交林权证、林地被侵占的相关证据，要求部门依法查处侵权行为，责令侵权人停止侵害、恢复原状并赔偿损失。
《中华人民共和国森林法》第七十四条规定，违反本法规定，进行开垦、采石、采砂、采土或者其他活动，造成林木毁坏的，由县级以上人民政府林业主管部门责令停止违法行为，限期在原地或者异地补种毁坏株数一倍以上三倍以下的树木，可以处毁坏林木价值五倍以下的罚款;造成林地毁坏的，由县级以上人民政府林业主管部门责令停止违法行为，限期恢复植被和林业生产条件，可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。
4.第四步，提起民事诉讼
行政处理无果，或者对处理结果不服，权利人可向人民法院提起诉讼，请求法院确认侵权行为违法，判令侵权人停止侵害、恢复原状、赔偿损失。《中华人民共和国民法典》第二百三十五条规定，无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。
《中华人民共和国民法典》第二百三十七条规定，造成不动产或者动产毁损的，权利人可以依法请求修理、重作、更换或者恢复原状。《中华人民共和国民法典》第二百三十八条规定，侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。
同时，《林木林地权属争议处理办法》第六条规定，县级以上人民政府或者国务院授权林业部依法颁发的森林、林木、林地的所有权或者使用权证书，是处理林权争议的依据。
林权证上的土地被侵占，权利人可根据侵权行为的性质和严重程度，选择对应部门处理，不同部门的职责不同，需根据具体情况精准选择，确保维权高效便捷，具体可找的部门如下：
1.县级以上人民政府林业主管部门
这是处理林地侵占的主要部门，负责查处破坏林地、林木的违法行为，权利人可向该部门提交书面申请，说明林地被侵占的事实、提交林权证及相关证据，要求其依法查处侵权人，责令停止侵害、恢复原状、赔偿损失，该部门会依法开展调查取证，作出相应处理决定。
《中华人民共和国森林法》第九条规定，国务院林业主管部门主管全国林业工作。县级以上地方人民政府林业主管部门，主管本行政区域的林业工作。乡镇人民政府可以确定相关机构或者设置专职、兼职人员承担林业相关工作。第六十六条规定，县级以上人民政府林业主管部门依照本法规定，对森林资源的保护、修复、利用、更新等进行监督检查，依法查处破坏森林资源等违法行为。
2.自然资源主管部门
该部门负责土地权属管理，侵占行为涉及非法占用林地、改变林地用途，权利人可向该部门投诉举报，要求其查处非法占用林地的行为，依法收回被侵占的林地，规范林地使用秩序，维护权利人的合法权属。
3.乡镇人民政府
该部门负责处理个人之间、个人与单位之间发生的林木所有权和林地使用权争议，侵占方与权利人存在权属争议，可向乡镇人民政府申请调解处理，乡镇人民政府会依法组织调解，调解不成的作出处理决定，高效化解基层林地权属纠纷。
4.公安机关
如果侵权行为情节严重，涉嫌构成犯罪，如非法占用农用地罪，权利人可向公安机关报案，要求公安机关立案侦查，追究侵权人的刑事责任，严厉打击非法侵占林地的违法犯罪行为。
《中华人民共和国森林法》第二十二条规定，单位之间发生的林木、林地所有权和使用权争议，由县级以上人民政府依法处理。个人之间、个人与单位之间发生的林木所有权和林地使用权争议，由乡镇人民政府或者县级以上人民政府依法处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
林地侵占诉讼中，林权证是核心证据，但仅靠林权证不一定能胜诉，还需要结合其他相关证据，形成完整的证据链，证明林地权属归自己所有、侵权行为确实存在、自身遭受了实际损失，才能提高胜诉概率，依法维护自身合法权益。
林权证是证明林地所有权或使用权的法定凭证，能够直接证明权利人对涉案林地享有合法权益，是诉讼中不可或缺的核心证据，没有林权证，权利人难以证明自己的权属，胜诉概率会大幅降低。《林木林地权属争议处理办法》第六条规定，县级以上人民政府或者国务院授权林业部依法颁发的森林、林木、林地的所有权或者使用权证书，是处理林权争议的依据。
但仅靠林权证不够，还需要提交其他证据佐证：
1.需提交林地被侵占的证据，如现场照片、视频、证人证言等，证明侵权人实施了侵占行为，明确侵占的范围和程度。
2.需提交损失相关证据，如林木毁坏清单、恢复林地的费用票据等，证明因侵权行为遭受的具体损失，为索赔提供依据。
3.如果存在权属争议，还需提交林地经营管理相关证据，如林地承包合同、经营记录等，辅助证明自己对林地的合法使用权。
如果仅提供林权证，无法证明侵权行为存在，或者无法证明自身损失，法院可能无法支持权利人的诉讼请求。《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
因此，林地侵占诉讼中，权利人需同时提交林权证及其他相关证据，形成完整证据链，才能确保胜诉。
综上所述，林地被侵占后，权利人可通过协商、行政处理、诉讼三种方式维权，可根据情况找林业、自然资源等相关部门处理。诉讼中林权证是核心证据，但需搭配其他证据形成链条才能提高胜诉概率。权利人应及时维权，保留相关证据，依法守护自身合法的林地权益。