工伤发生后，住院治疗的合规费用原则上由工伤保险基金直接结算。《工伤保险条例》第三十条规定，职工因工作遭受事故伤害进行治疗，符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录和住院服务标准的医疗费用，从工伤保险基金支付。
如果用人单位已依法参加工伤保险，职工在定点医疗机构住院，通常无需任何一方垫付，费用由社保经办机构与医院直接结算。部分医院因流程原因要求预交押金，此时可由用人单位先行垫付，后续凭票据向工伤保险基金报销。
但如用人单位未依法缴纳工伤保险，《工伤保险条例》第六十二条第二款明确规定，应当参加工伤保险而未参加的用人单位职工发生工伤的，由该用人单位按照本条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。此时，所有合规医疗费用均由公司承担。
职工个人不应成为垫付主体。即使因紧急情况自行支付了部分费用，也属于临时行为，有权要求用人单位或工伤保险基金返还。法律不将缴费义务转嫁给受伤职工。
实践中，用人单位有协助办理工伤医疗费用结算的法定义务。消极不作为导致职工无法及时报销的，可能构成对工伤待遇的侵害，需承担相应法律责任。
员工发生工伤并住院后，用人单位应立即采取一系列法定措施。《工伤保险条例》第十七条第一款规定，职工发生事故伤害，用人单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起三十日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
在送医救治阶段，公司应确保员工得到及时、必要的医疗救助，不得以任何理由延误治疗。同时，应保留事故现场证据、目击证人信息、医疗记录等，为后续认定提供支持。
公司还需在内部启动工伤处理程序，包括暂停安排工作、通知家属、配合调查等。如员工生活不能自理，应安排人员护理或支付护理费用。《工伤保险条例》第三十四条对此作出明确规定。
公司应按月支付停工留薪期工资。《工伤保险条例》第三十三条要求，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。此项义务不因是否参保而免除。
公司还应主动与社保经办机构沟通，提交工伤认定材料，协助办理工伤医疗费用报销、劳动能力鉴定等手续。拖延或隐瞒可能导致工伤认定失败，进而承担全部赔偿责任。
工伤住院期间的费用是否由公司全额支付，取决于其是否依法参加工伤保险。如果公司已参保，则合规医疗费用由工伤保险基金支付，公司无需承担;但停工留薪期工资、护理费等仍由公司依法支付。
《工伤保险条例》第三十条明确，符合国家规定目录的医疗费用从工伤保险基金支付。公司仅在未参保情形下，才需“全额”承担医疗费用。这是法律设定的风险转移机制，旨在保障职工权益。
除医疗费外，公司必须承担的费用包括：停工留薪期工资、住院期间的护理费(如需)、以及未纳入基金支付但属合理必要的康复支出。这些项目不因参保与否而免除。
如地方政策规定住院伙食补助费由用人单位先行垫付再申领，公司亦应履行。但最终资金来源仍是工伤保险基金，公司仅为代付角色。
如果公司未参保，根据《工伤保险条例》第六十二条，所有法定工伤待遇——包括医疗费、伙食补助、交通费、辅助器具费、伤残津贴等——均由公司全额承担。此时，公司承担的是替代性赔偿责任。