刑事案件立案后能否撤案，关键在于案件的性质是公诉还是自诉，以及是否符合法定的免责情形。对于绝大多数公诉案件而言，一旦立案，追究刑事责任的主动权就掌握在国家司法机关手中，而非当事人个人。
根据法律规定，如果经过侦查发现情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，应当撤销案件。此外，犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人或被告人死亡等情形，也是法定的撤案理由。
对于告诉才处理的自诉案件，情况则有所不同。这类案件主要涉及侮辱、诽谤等轻微犯罪，被害人的意愿起着决定性作用。如果被害人在法院宣告判决前自愿撤回起诉，或者与被告人达成和解并撤诉，法院通常会裁定准许，从而导致案件撤销。
在公诉案件中，即便被害人与犯罪嫌疑人达成和解，甚至出具了谅解书，公安机关通常也不能直接撤案。被害人的谅解只能作为量刑时的从轻情节，而不能成为撤销案件的依据。
如果案件是因为证据不足而立案，在后续侦查中发现确实无法收集到充分证据证明犯罪事实，或者现有证据无法形成完整的证据链，侦查机关也应当撤销案件。但这并不意味着当事人彻底安全，如果未来发现了新的关键证据，案件仍有可能被重新立案侦查。
引用法条
《刑事诉讼法》第十六条规定：有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;(二)犯罪已过追诉时效期限的;(三)经特赦令免除刑罚的;(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
民事诉讼与刑事诉讼属于两个独立的法律评价体系，解决的是不同性质的法律关系。民事判决解决的是平等主体之间的财产或人身纠纷，而刑事立案追究的是危害社会的犯罪行为。因此，民事案件的审理和判决，原则上并不排斥刑事责任的追究。
如果在民事诉讼结束后，发现了新的犯罪事实，或者原有行为被证实构成了犯罪，公安机关依然可以刑事立案。比如，原本作为普通经济纠纷处理的案件，如果后续查明存在虚构事实、隐瞒真相的诈骗行为，即便民事判决已经生效，司法机关仍可启动刑事程序追究诈骗罪的刑事责任。
民事判决认定的事实，在刑事诉讼中仅具有证据效力，并不具有绝对的既判力。刑事侦查机关会对案件进行全面、独立的调查，不受民事判决结果的束缚。如果刑事调查的结果与民事判决认定的事实相冲突，且刑事判决认定了犯罪事实，那么可能会通过审判监督程序对原民事判决进行再审或改判。
对于涉及“先刑后民”原则的案件，如果民事案件审理过程中发现涉嫌刑事犯罪，法院应当裁定驳回起诉，将案件移送公安机关。如果民事案件已经审结，但发现该民事判决是基于犯罪行为作出的，那么该民事判决本身就是违法的，必须通过刑事立案来查清事实，进而纠正错误的民事判决。
刑事立案后，之前的民事判决执行可能会受到影响。如果刑事判决认定涉案财物属于赃款赃物并予以追缴，那么这部分财产将优先用于退赔被害人，而不是履行民事判决的债务。这体现了法律对于被害人财产权益的优先保护，以及对犯罪行为的严厉打击。
引用法条
《刑事诉讼法》第一百一十二条规定：人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。