实习期扣6分的后果分两种情况，核心取决于驾照准驾车型，不同准驾车型的处罚标准不同，不存在统一处理方式。
小型汽车及小型自动挡汽车等C类驾照，实习期内扣6分不会注销驾照，也不会延长实习期，只要在实习期内未扣满12分，实习期届满后即可正常转正，恢复驾照全部使用权限。
《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十六条规定，机动车驾驶人初次取得汽车类准驾车型或者初次取得摩托车类准驾车型后的12个月为实习期。第八十条规定，机动车驾驶人在实习期内发生的道路交通安全违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。
大型客车、重型牵引挂车、城市公交车、中型客车、大型货车等B类、A类驾照，实习期内扣6分及以上但未满12分的，实习期会延长12个月。延长的实习期内再次扣6分及以上的，会直接注销其实习的准驾车型驾驶资格，驾驶人需要重新报名考试，通过全部科目后才能重新申领驾照。无论哪种准驾车型，扣分后都需及时处理违章，缴纳罚款，否则会影响驾照正常使用。
实习期扣12分的后果统一且严厉，无论准驾车型是C类还是A类、B类，都会直接注销其实习的准驾车型驾驶资格。
驾驶人需重新报名参加机动车驾驶证考试，从科目一到科目四全部通过后，才能重新获得驾照，原有的驾考成绩和驾照资格全部作废，相当于重新考证。
《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十一条规定，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，除依法给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分制度，记分周期为12个月，满分为12分。机动车驾驶人在一个记分周期内记分达到12分的，应当按规定参加学习、考试。
同时，第八十条明确规定，机动车驾驶人在实习期内发生的道路交通安全违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。
驾驶人被注销实习准驾车型驾驶资格后，不能继续驾驶机动车，否则属于无证驾驶，会被处以二百元以上五百元以下罚款，情节严重的还会面临其他处罚。如果是增驾车型处于实习期，扣12分的，不仅注销增驾的准驾车型资格，还会影响原准驾车型的使用，驾驶人需严格遵守交通规则，避免实习期内扣满12分。
综上所述，实习期扣分后果根据扣分分值和准驾车型有所不同，C类驾照扣6分无严重影响，A类B类驾照扣6分延长实习期，扣12分则统一注销实习准驾车型资格。实习期司机要严格遵守交通规则，谨慎驾驶，避免违规扣分，顺利通过实习期，保障自身驾照合法使用。