宅基地使用权纠纷首先应通过协商方式解决。双方当事人可就权属、边界或使用范围达成一致，协议内容不得违反法律规定。协商成本低、效率高，是法定优先程序。
如果协商不成，可向村民委员会或人民调解委员会申请调解。调解组织依据法律和公序良俗进行疏导，促成自愿协议。调解协议经司法确认后具有强制执行力。
《人民调解法》第三十三条规定，经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。
如果调解无效，当事人可向乡级或县级人民政府申请行政处理。政府将调查事实、核实证据并作出确权决定。该程序是提起后续诉讼的前置环节，尤其适用于权属争议。
对行政处理决定不服的，可在收到决定书之日起三十日内向人民法院提起行政诉讼。如纠纷属于平等主体间的侵权或排除妨害，则可直接提起民事诉讼，不受行政前置限制。
宅基地使用权不同于城市国有土地上的建设用地使用权，不设固定使用年限。只要权利人持续合法使用且房屋未灭失，使用权可长期存续。
法律未规定宅基地使用权的终止期限，其本质是农村集体经济组织成员基于身份享有的福利性用益物权。只要符合“户有所居”原则，使用权即受保护。
《土地管理法》第六十二条规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施保障农村村民实现户有所居。
需要注意的是，如果宅基地上房屋倒塌、长期闲置或被拆除，村集体有权依法收回土地。此时使用权因缺乏载体而终止，并非因时间届满失效。
因此，宅基地使用权并非“永久私有”，而是以房屋存在和合理使用为前提的长期性权利，其稳定性依赖于持续利用而非单纯的时间经过。
宅基地使用权的设立原则上不以登记为生效要件，而是以审批和实际分配为准。历史上大量宅基地未办理登记，但长期使用仍受法律保护。
《民法典》第二百零九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
宅基地使用权属于法律另有规定的情形。根据《土地管理法》及农村土地制度改革精神，已通过村集体审批并建房使用的，即使未登记，也承认其使用权。
不过，完成不动产登记后，权利状态更清晰，在征收补偿、纠纷确权中更具证明力。2026年全国宅基地确权登记持续推进，登记虽非生效前提，却是权利保障的重要手段。
对于新申请的宅基地，部分地区已实行“先登记、后使用”的管理方式，但此属行政管理优化，不改变物权法上的非登记生效原则。
宅基地关乎农民基本居住权益，其使用与纠纷解决需兼顾法律规范与农村实际。明确使用权无固定年限、登记非绝对生效要件，有助于理性维权。面对争议，应优先选择协商调解，依法依规维护自身合法权益。