自诉案件原则上不由公安机关立案侦查。《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十条将自诉案件限定为三类：告诉才处理的案件、被害人有证据证明的轻微刑事案件、以及公权力机关不予追究时的救济性自诉。这三类案件的共同特征是由被害人直接向法院起诉，排除公安机关的常规立案管辖。
对于告诉才处理的案件，如侮辱、诽谤、暴力干涉婚姻自由、虐待(未致重伤或死亡)、侵占等，刑法明确规定“告诉才处理”。根据《中华人民共和国刑法》第九十八条，如果被害人因受强制、威吓无法告诉，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。但此情形仍不等同于公安机关主动立案侦查。
在特定例外情况下，公安机关可介入告诉才处理案件。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第一条指出，如果侮辱、诽谤严重危害社会秩序和国家利益，即不再属于告诉才处理范畴，而应作为公诉案件处理。此时，公安机关有权依法立案侦查。
对于第二类自诉案件，即被害人有证据证明的轻微刑事案件，如果被害人报案，公安机关应当受理并进行初步调查。如发现符合立案条件且属于公诉范围，应依法立案;如确属自诉案件，则告知被害人向法院提起自诉，并可出具不予立案通知书，供其作为第三类自诉的依据。
第三类自诉案件的前提正是公安机关或检察机关作出不予追究决定。因此，在该类案件中，公安机关已先行审查并拒绝立案。被害人凭此决定书向法院自诉，法院不得以未经公安侦查为由拒绝受理。这体现了对公权力不作为的司法制衡。
自诉案件的诉讼时效并非指民事意义上的起诉期限，而是适用《中华人民共和国刑法》第八十七条规定的追诉时效。该条规定，犯罪经过下列期限不再追诉：法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年;法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年;法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年;法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。
追诉时效的起算点为犯罪之日。《中华人民共和国刑法》第八十九条第一款规定，追诉期限从犯罪之日起计算;犯罪行为有连续或者继续状态的，从犯罪行为终了之日起计算。这意味着，无论案件属于公诉或自诉，只要超过法定追诉期限，司法机关不得再追究刑事责任。
对于告诉才处理的案件，刑法虽未单独规定告诉期限，但司法实践普遍认为，被害人应在追诉时效内提出告诉。如果超过刑法规定的追诉期限才提起自诉，法院将依法裁定不予受理或驳回起诉。这是因为刑事责任的追究受制于国家刑罚权的时效限制，不因个人意志而延长。
追诉时效可因法定事由中断或延长。《中华人民共和国刑法》第八十九条第二款规定，在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限从犯后罪之日起重新计算。第八十八条规定，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
自诉人必须在刑法规定的追诉时效内提起诉讼。即使案件属于自诉范围，若超过追诉期限，法院将无法启动刑事审判程序。这一规则确保了法律关系的稳定性，防止无限期追责对公民权利造成不当侵害。
自诉案件在判决宣告前可以撤诉。《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十二条第一款明确规定，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。这一规定赋予自诉人充分的程序处分权，体现自诉制度尊重当事人意愿的基本原则。
撤诉是自诉人的单方诉讼行为，无需征得被告人同意。只要在法院作出判决前提出书面或口头申请，经法院审查确认系自愿、真实意思表示，即可裁定准许撤诉。撤诉后，案件即告终结，被告人不再承担刑事责任。
但撤诉权利并非绝对，存在重要限制。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第二百七十二条，对于《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十条第三项规定的自诉案件，即因公权力机关不予追究而提起的救济性自诉，不适用调解，撤诉亦受到严格限制。此类案件涉及公权力履职问题，不宜由当事人随意终止程序。
如果法院经审查认为撤诉可能损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，可不予准许。虽然法律未明文规定此限制，但基于司法权的监督职能，法院有权对撤诉申请进行合法性审查，防止滥用诉权或掩盖其他违法行为。
撤诉后是否可再次起诉，需结合具体情况判断。如果撤诉系因证据不足，之后又收集到新证据，可重新提起自诉。但如果案件已因实体审理被驳回，或撤诉后无正当理由反复起诉，法院可依据一事不再理原则不予受理。