90年代的房产证没有土地使用证，可按以下步骤处理。
1. 确定土地性质
国有土地：房屋所在土地为国有，可能因当时登记制度不完善或开发商手续未完备导致未办理土地证。
集体土地：为农村集体土地，需确认房屋是否符合宅基地申请条件及一户一宅规定。
2. 查询档案与资料
到当地不动产登记部门、房产管理部门或档案馆，查询房屋原始档案，查看是否有土地来源、出让合同、建房审批文件等记录。
为二手房，尝试联系原房主或原单位，了解当时办证情况及遗留问题。
3. 准备申请材料
国有土地：一般需提供身份证、房产证、购房合同、契税完税证明、房屋测绘报告等。
集体土地：需由所在集体组织出具证明，说明房屋符合宅基地使用条件，并提供身份证明、房产证等材料。
4. 申请补办土地证
向当地不动产登记部门提交补办申请，说明情况并提交准备好的材料。
登记部门会审核材料，可能进行实地勘察，核实土地边界、房屋现状等。
审核通过，需按规定缴纳相关费用(如土地出让金、登记费等)，然后领取土地证。
5. 处理特殊情况
存在权属争议、土地边界纠纷或房屋超占土地等问题，需先解决争议或按要求整改，再申请补办土地证。
因历史遗留问题导致无法办理，可向当地政府相关部门反映，申请依据历史政策或特殊规定处理。
九十年代的房子没有房产证，是否算合法面积，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下是主要情形分析。
1. 合法建造但未办证
房屋建造时符合当时有效的法律法规和规划要求，如已取得宅基地审批、建设用地批准等手续，仅因历史原因未办理房产证，通常可认定为合法建筑，其面积属于合法面积。
如1990年代农村宅基地上建房，若经村委会或乡镇政府批准，即使未办房产证，也可通过宅基地审批文件、村委证明等证据证明合法性。
2. 违规建造
房屋建造时未取得任何审批手续，或违反当时规划、土地管理法规(如擅自占用耕地、超出宅基地面积等)，即使建于1990年代，也可能被认定为违法建筑，其面积不属于合法面积。
如未经批准在集体土地上擅自建房，或未按许可内容建设，此类房屋可能面临拆除或不予补偿。
3. 历史遗留问题
对于因政策调整、行政不作为等原因导致未办证的房屋，符合当地历史遗留问题处理政策，可能被认定为合法建筑。
如部分地区对1990年代未办证的房屋出台专项政策，允许通过补充材料、补办手续等方式确认合法性。