员工自离且没有办理离职手续，用人单位依旧不可以不发放工资。薪资发放的法定依据为劳动者实际提供劳动，离职手续是否办结不会改变薪资发放义务。
只要劳动者在职期间产生有效劳动时长，完成岗位工作内容，企业就必须据实结算劳动报酬，不能凭借员工擅自离岗、未交接工作等理由恶意拒发薪资。企业内部制定的自离停发工资相关制度，不具备任何法律效力，无法对抗国家劳动法律规定。
依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。该法条明确薪资发放属于企业强制性法定义务，不得随意免除。
依据《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。即便员工未办理书面离职流程，双方事实劳动关系已经实际终止，企业需要在劳动关系终止阶段一次性结清全部在岗薪资，不得拖延结算时间。
劳动者遇到企业恶意扣押薪资的情形，可以保存考勤记录工作单据，通过合规渠道维权追回薪资。
员工自离且未办理离职手续，企业需要按照法定流程规范处理，不得随意处置员工劳动关系以及薪资账目。
(一)企业需要固定员工违规证据，完整留存考勤缺勤记录、在岗工作资料，明确员工擅自离岗的起始时间，做好书面登记留存归档。
(二)企业需要及时向员工预留联系方式发送告知通知，督促员工返回岗位办理工作交接以及离职手续，给予员工合理办理时限。
依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。该法条明确正规离职需要履行提前告知义务，未履行义务的自离行为属于劳动者违规行为。
超过告知时限员工依旧未到岗的情况下，企业可以依法单方面终止劳动关系，及时办理社保停缴手续，避免产生多余用工成本。企业在办结劳动关系终止流程之后，整理薪资核算清单，结清员工在岗期间工资。如果员工自离造成企业经济损失，企业可以整理损失凭证，依法向员工主张赔偿，通过合法途径维护企业经营权益。
员工自离情况下，公司扣款存在严格法定限制，不可以随意设定扣费金额，无损失不得扣费。只有员工自离行为直接造成企业经济损失，且企业能够提供完整书面损失证据时，才具备合法扣款资格。
常见合规抵扣情形包含物料损毁、业务中断产生的直接经营损耗，单纯以未办离职手续为由扣费的行为全部属于违法操作。
依据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。法律明确划定扣款金额上限，每月扣除的金额不得超过劳动者当月工资的百分之二十。
单次扣款完成之后，员工剩余到手薪资不可以低于当地最低工资标准，保障劳动者基础生活权益。如果扣除比例过高导致剩余薪资达不到法定标准，企业必须下调扣款数额。企业无法出具真实损失凭证的，需要全额发放工资，不得私自扣除任何费用。
综上，未办理离职手续的自离员工依旧有权领取工资，企业不得无故扣押薪资。企业需规范留存证据并依法终止劳动关系，合法扣款最高不得超过当月工资百分之二十。劳资双方都要遵守劳动法规，避免违规用工以及盲目自离造成损失。