根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿金额应合理，并受法定比例限制。
具体而言，每月从员工工资中扣除的赔偿部分不得超过当月工资的20%。同时，扣除后剩余工资不得低于当地政府规定的最低工资标准。这是为了保障劳动者基本生活权益，防止过度追偿。
是否需要赔偿，首先取决于员工是否存在故意或重大过失。如果仅为一般工作疏忽或正常履职风险所致损失，员工无需承担赔偿责任。法律不将经营风险转嫁给普通劳动者。
对于4万元的损失，即使员工确有重大过错，也不能一次性全额追偿。公司应通过逐月扣款方式实现，且必须事先在规章制度或劳动合同中有明确约定。无约定或制度未经民主程序公示的，追偿缺乏依据。
公司负有举证责任，必须提供证据证明损失金额、员工过错程度及二者之间的直接因果关系。仅凭内部账目或单方估算不足以作为索赔依据。
员工对公司的赔偿责任并非无限制，而是严格限定于特定情形。《中华人民共和国劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
该条款表明，普通履职行为导致的损失，除非存在故意破坏、严重失职或违反法定义务，否则员工不承担责任。日常经营中的市场风险、管理决策失误等，不应由员工承担。
即使员工存在过错，赔偿范围也应与其过错程度相匹配。法院或仲裁机构会综合考虑岗位职责、操作规范、培训情况、损失可避免性等因素，判断责任比例。
实践中，多数案件中员工实际承担的赔偿金额远低于公司主张数额。法律倾向于保护处于弱势地位的劳动者，避免用人单位借“赔偿”之名变相克扣工资或推卸管理责任。
因此，公司不能以“造成损失”为由随意要求员工全额赔偿。必须证明员工行为违法或严重违约，且损失真实、可量化、与行为直接相关。
员工擅自离职即未提前30日书面通知用人单位而解除劳动合同，属于违法解除。《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，劳动者应当按照双方约定办理工作交接。第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。
如果因擅自离职导致公司无法及时安排人员接替，造成直接经济损失，公司可依据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条主张赔偿。但前提是公司能证明损失实际发生且与离职行为有直接因果关系。
常见的可索赔损失包括：紧急招聘费用、客户订单违约金、生产线停工损失等。间接损失、预期利润损失通常不被支持。公司还需证明已采取合理措施减少损失，否则可能因“扩大损失”而被驳回部分请求。
员工擅自离职本身不自动产生高额赔偿。如劳动合同未约定服务期或专项培训协议，一般不会产生违约金。只有在公司提供专项培训并约定服务期的情况下，员工提前离职才需按比例返还培训费用。
公司不得以员工擅自离职为由拒付已工作期间的工资。工资是劳动对价，与赔偿责任分属不同法律关系。任何克扣行为均违反《中华人民共和国劳动法》第五十条。
综上，员工擅自离职虽属违约，但赔偿责任有限。公司应完善规章制度、规范离职流程，并在发现异常时及时采取补救措施，以降低损失并增强索赔依据。