员工赔偿比例需以实际损失为基准。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条：行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。员工因故意或重大过失造成公司损失时，赔偿范围原则上应与实际损失相当，但法律对赔偿比例设有上限限制。司法实践中，员工个人赔偿比例通常不超过实际损失的30%，具体比例需结合过错程度、收入水平及劳动合同约定综合判定。
赔偿标准需区分直接损失与间接损失。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条：劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。该条款明确赔偿范围限于直接经济损失，如货物毁损价值、合同违约罚金等。对于市场机会丧失、商誉损害等间接损失，除非员工存在故意或重大过失，否则一般不予支持。
劳动合同约定需符合法定限度。根据《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。该条款对赔偿方式及比例作出强制性规定，即使劳动合同约定更高比例，超出部分也属无效。
赔偿程序需遵循劳动争议处理规则。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条：发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。公司主张员工赔偿时，必须先通过内部追责程序，无法协商一致的需申请劳动仲裁，未经仲裁直接起诉的法院不予受理。
重大事件处理需区分故意与过失。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条：公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。如果员工通过故意犯罪行为造成公司重大损失，如贪污、挪用资金、泄露商业秘密等，公司应立即报警并追究刑事责任，同时可提起刑事附带民事诉讼要求赔偿。
过失造成的重大损失需评估过错程度。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十条：完全民事行为能力人对自己的行为暂时没有意识或者失去控制造成他人损害有过错的，应当承担侵权责任。对于员工因重大过失导致的事故，如生产安全责任事故、重大决策失误等，公司需通过专业机构鉴定过错比例，赔偿金额应与过错程度相适应，但不得突破实际损失的30%上限。
公司内部追责程序需规范。根据《企业职工奖惩条例》已废止，现行规定下公司应依据规章制度处理。公司需在劳动合同或员工手册中明确重大损失的认定标准及处理程序，处理决定需经职工代表大会讨论通过，处理结果需书面送达员工并告知申诉渠道。未经法定程序的处理决定可能被认定为违法解除劳动合同。
赔偿与劳动关系的处理需谨慎。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。公司如果以重大损失为由解除劳动合同，需同时满足损失重大、员工存在故意或重大过失、规章制度有明确规定三个要件，否则可能构成违法解除需支付赔偿金。
失职赔偿需以直接因果关系为前提。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十六条：行为人造成他人民事权益损害，不论行为人有无过错，法律规定应当承担侵权责任的，依照其规定。员工失职赔偿需证明损失与过错行为存在直接因果关系，如因未履行审核职责导致合同违约，因保管不善导致财物毁损等。对于市场波动、政策变化等不可抗力因素导致的损失，员工不承担赔偿责任。
赔偿范围需扣除可预见性因素。根据《中华人民共和国民法典》第五百八十四条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。员工赔偿金额需扣除公司管理不善、风险防控缺失等自身因素导致的损失扩大部分。
赔偿方式可协商分期支付。根据《工资支付暂行规定》第十六条：经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。对于高额赔偿，公司可与员工协商分期支付，但需签订书面协议并明确违约责任，未经员工同意不得擅自从工资中扣除。
追责时效需符合法律规定。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。公司主张员工赔偿的仲裁时效为一年，自知道或应当知道损失发生之日起计算。对于持续性的失职行为，时效从行为终止之日起计算，但最长不超过劳动合同终止后一年。