1、扣押款退还的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条：对查封、扣押、冻结的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。
2、扣押款退还的情形
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十七条：犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在法律规定的侦查羁押、审查起诉、一审、二审期限内办结的，对被羁押的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放。需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。对应的扣押款项，在解除强制措施或案件终结时应当一并退还。
3、退还扣押款的具体流程
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百四十六条：对冻结的财产，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内通知金融机构等单位解除冻结，并通知被冻结财产的所有人。当事人持解除冻结通知书到有关金融机构等单位办理手续，有关金融机构等单位应当协助办理。
4、逾期不退申请国家赔偿
根据《中华人民共和国国家赔偿法》第十八条：行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利。其中包括违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的。当事人可以依法向赔偿义务机关提出赔偿申请。
5、退还扣押款申请
法律虽然规定了退还义务，但实际操作中需要当事人主动向办案机关提交书面退还申请。申请时应当写明案件编号、扣押金额、扣押时间以及要求退还的理由。办案机关收到申请后应当在法定期限内进行审查，符合退还条件的应当及时办理退款手续。建议当事人保留好所有与扣押相关的凭证和文书。
6、案件不同阶段退还规定有所不同
在侦查阶段，如果查明扣押款项与案件无关，侦查机关应当在三日内退还。在审查起诉阶段，检察机关发现不应当追缴的，应当及时退还。在审判阶段，法院判决生效后，对扣押在案的款项应当根据判决结果处理，属于当事人合法财产的部分应当返还。各阶段都有对应的时限要求，超期未退的属于违法行为。
7、对退还决定不服的救济途径
如果当事人认为应当退还而办案机关拒绝退还，可以向上一级机关申诉。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十七条：当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人对于司法机关及其工作人员有下列行为之一的，有权向该机关申诉或者控告。其中包括应当解除查封、扣押、冻结不解除的情形。受理申诉的机关应当及时处理。