996工作制可以申请劳动仲裁，该用工模式本身违反法定工时标准，属于典型的违法超时加班行为，劳动者依法享有仲裁维权的权利。
996模式每日工作时长每周工作天数均超出法律上限，即便企业以员工自愿奋斗内部制度等理由推行，也无法抵消其违法属性，相关内部规定不具备法律效力。
劳动者可以通过仲裁主张补发加班费未休年假工资，也可以以此为由解除劳动关系，要求单位支付经济补偿金。加班费计算有明确法定标准，工作日延时加班需按照不低于工资百分之一百五十的报酬支付，休息日加班无法安排补休的需按照不低于工资百分之二百的报酬支付，法定节假日加班需按照不低于工资百分之三百的报酬支付，单位未足额支付的，劳动者可通过仲裁全额追偿。
《中华人民共和国劳动法》第三十六条规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时。
因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。996模式长期突破工时上限，劳动者只要留存加班事实证据，即可顺利发起劳动仲裁。
普通劳动者申请劳动仲裁全程免费，不需要向仲裁机构缴纳案件受理费或手续费，这是法律赋予劳动者的维权保障，能够极大降低维权门槛。
劳动争议仲裁不收取任何官方费用，无论仲裁诉求金额高低案件难易程度如何，仲裁机构均不得向申请人收取费用。劳动者唯一可能产生的支出为自行聘请律师的代理费，该费用不属于法定必要支出，可根据自身需求自主选择。
如果劳动者不委托律师自行参与仲裁全程，不会产生任何维权成本，所有仲裁流程均可免费办理。最终仲裁胜诉后，劳动者可依法追回拖欠的加班费工资补偿金等款项，无需抵扣任何官方费用。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十三条规定，劳动争议仲裁不收费。劳动争议仲裁委员会的经费由财政予以保障。
部分地区存在法律援助服务，符合条件的劳动者可以免费申请指派律师协助处理仲裁案件，完全无需承担律师费用。即便后续对仲裁结果不服，向人民法院提起民事诉讼，劳动纠纷一审案件诉讼费仅为十元，收费标准极低，不会给劳动者造成经济负担。
申请劳动仲裁有固定法定流程，按照规范步骤提交材料办理即可：
1、准备仲裁材料，基础材料包含仲裁申请书一式两份，申请人身份证明复印件，用人单位工商登记信息。劳动关系证据包含劳动合同工牌考勤记录工资流水，针对996超时加班维权还需准备加班记录工作沟通记录工作成果凭证等加班事实材料。
2、提交立案申请，申请人向用人单位所在地或劳动合同履行地的劳动仲裁委员会递交全部材料，由工作人员审核材料完整性。
3、立案受理与调解，材料审核通过后仲裁机构予以立案，组织双方开展诉前调解，促成双方协商解决争议。
4、开庭审理，调解无果的，仲裁机构排期开庭，双方当庭举证质证辩论，陈述自身诉求和事实依据。
5、出具仲裁裁决，庭审结束后仲裁委依法作出裁决文书，双方签收后产生法律效力。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十八条规定，申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应当载明下列事项，劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务，仲裁请求和所根据的事实、理由，证据和证据来源、证人姓名和住所。
材料准备齐全流程合规，即可顺利完成仲裁申请，全程依照法定程序推进，保障劳动者合法维权渠道畅通。
综上所述，996属于违法用工可正常申请劳动仲裁，仲裁全程免费大幅降低维权成本。劳动者只需备齐身份劳动关系及加班证据，按法定流程申请仲裁，即可依法追回加班费及对应补偿。