停薪留职本质上是一种特殊状态下的劳动关系处理方式。在此期间，劳动者不履行工作义务，用人单位也不发放工资，但双方仍维持劳动合同关系。这种安排通常需要用人单位与劳动者达成明确协议，不能单方面决定。
停薪留职不是法定的用工制度，现行劳动法律法规中没有直接使用“停薪留职”这一术语。它更多是计划经济时代遗留下来的一种习惯性说法。如今，该做法必须建立在双方自愿、平等协商的基础上，否则可能构成违法。
在实际操作中，停薪留职常被用于员工因健康、家庭或其他个人原因暂时无法工作的情形。此时，如果双方同意暂停履行劳动合同的主要义务，可以视为对原合同的临时变更。但这种变更不得违反法律强制性规定。
停薪留职期间，劳动关系仍然存续，这意味着用人单位仍需依法为员工缴纳社会保险。如果用人单位未继续缴纳社保，即使双方有停薪留职协议，也可能被认定为违法解除或变相解除劳动合同。
《劳动合同法》第三十五条规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
停薪留职本身并不违法，前提是必须基于双方真实意思表示，并以书面形式确认。如果用人单位单方面通知员工停薪留职，或者强迫员工接受该安排，则属于违法行为，侵犯了劳动者的合法权益。
合法性还体现在是否保障了劳动者的基本权利。如在停薪留职期间，用人单位仍应依法为劳动者缴纳社会保险费用。如果中断缴纳，即使员工同意停薪，也可能因违反社保法定义务而无效。
另外，停薪留职不能成为用人单位规避法律责任的手段。比如，企业经营困难时，应优先考虑协商调整岗位、缩短工时或依法裁员，而不是通过停薪留职变相逼迫员工离职。此类行为一旦被查实，将承担相应法律责任。
停薪留职协议的内容也必须合法。如果协议中包含免除用人单位法定义务、限制劳动者基本权利的条款，即使双方签字，也可能被认定为无效。因此，签订此类协议前，双方都应充分了解各自的权利义务。
《劳动合同法》第二十六条规定，下列劳动合同无效或者部分无效：(一)以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的;(二)用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的;(三)违反法律、行政法规强制性规定的。
停薪留职虽非法律明文规定，但在特定条件下可通过协商实现。关键在于双方是否达成真实、合法、书面的一致意见，并保障劳动者的基本权益。任何单方面决定或规避法定义务的做法，都将面临法律风险。劳动者和用人单位都应增强法律意识，依法处理劳动关系变动。